在慢性乙肝的治疗过程中，既要清除血液中的病毒，抑制新病毒的产生，还要防止病毒传染未受感染的肝细胞以及已感染肝细胞的再感染，最重要的是要清除感染细胞的cccDNA，此外还要清除肝外病毒储备。目前清除血液中的乙肝病毒比较容易，但是尚无任何药物可以清除肝细胞中的病毒复制“发动机”cccDNA，因此说乙肝病毒难以彻底清除。
慢性乙肝患者对干扰素治疗的病毒学应答分为两期。第一期为诱导期，干扰素通过抑制乙肝病毒DNA的细胞内复制而导致循环血液中的病毒早期清除。第二期是维持阶段，始于治疗后14～28天，持续整个治疗期间。在这一阶段，免疫系统开始清除乙肝病毒感染细胞。干扰素持续治疗的目的就是要清除乙肝病毒感染细胞。
乙肝病毒表面抗原血清转换是治疗的最终目标，因为这代表急性感染已得到有效控制以及慢性乙肝已接近彻底治愈。然而，在较短时间内实现转换比较罕见。
乙肝病毒e抗原转阴／血清转换是乙肝病毒e抗原阳性慢性乙肝持续缓解的最有力标志。一项对165例乙肝病毒e抗原阳性患者的研究显示，采用干扰素治疗清除乙肝病毒e抗原的患者中超过半数发生乙肝病毒表面抗原转阴，而未发生乙肝病毒e抗原转阴的患者中仅为9％，而且获得乙肝病毒e抗原应答者生存期显著延长，肝癌发生率显著降低。
慢性乙肝治疗后出现良好转归的标志应为谷丙转氨酶复常和乙肝病毒DNA水平下降，继而出现持久的乙肝病毒e抗原消失和血清转换，甚至出现乙肝病毒表面抗原消失／血清转换，在最大限度上预防肝细胞癌的发生，从而延长生存期。
