很多人都知道“乙肝两对半”检查，但对HBV-DNA知之不多。简单地说，HBV-DNA就是使乙肝病毒能复制出新的病毒的遗传物质，简称乙肝病毒基因。世界上任何生物都是依靠自身的DNA来复制自己的后代，以求制造出相似于自身的生物，因此，它是不可或缺的因子。乙肝病毒也一样。
乙肝“大（小）三阳”和HBV-DNA又是什么关系呢？乙肝“大（小）三阳”中的抗原或抗体都是蛋白质成分。抗原是病毒本身的组成成分，抗体则是患者本身产生的能中和病毒抗原的蛋白质。举个形象的例子，乙肝病毒犹如一只橘子，HBsAg（乙肝病毒表面抗原，即病毒的外衣）是橘子皮，HBeAg和HB-cAg （病毒的核心成分）是橘子的瓤，HBV-DNA好比橘子的核（含有能长出橘树的DNA）。因此，HBV-DNA就是乙肝病毒的“种子”。因为种下无核蜜橘是不会长出橘树来的。同样，如果乙肝病毒只有抗原而没有HBV-DNA，是不会传染别人的，因为它没有复制病毒的能力，病人也就彻底痊愈了。
医生在衡量乙肝患者的病情时，需要测血液中是否含有HBV-DNA（定性，即阳性还是阴性），确定是否有感染性；而且还要测一下带有病毒的数量（病毒载量），就是判定感染性的高低，通常是以每毫升含有多少病毒的拷贝数（拷贝/毫升）表示患者血液中病毒载量（病毒载量所表示的意义见下表）。
HBV-DNA的定性和定量对医生的诊断和用药非常重要，如果是阳性而且病毒载量很高，建议到专科医院诊治，否则病情会发生变化。有的人因病情反复，可引起肝硬化；有的则因乙肝病毒的DNA和人肝细胞的DNA发生整合，而促使癌变。
在抗病毒用药中，干扰素和核苷类似物是两大类可供选择的药物。两者都要求在转氨酶升高时治疗，前者对乙肝病毒标记物血清转换优于后者，后者对HBV-DNA抑制效果优于前者。因此，进行HBV-DNA的监测就成为选择药物和判断用药时机的依据之一。
至于选择干扰素还是核苷类似物，则受综合因素的影响，不能单纯说哪种更合适，可由专业医生进行判断。不过核苷类似物中，2006年已获国家食品药品监督管理局批准的用于慢性乙肝治疗的博路定（恩替卡韦片）。核苷类似物容易产生耐药性，新颁布的《慢性乙型肝炎防治指南》指出，博路定是耐药发生率低的药物，对初治患者治疗2年的耐药发生率为零。临床实验还显示，博路定能有效抑制HBV-DNA的复制，疗效优于拉米夫定；对发生YMDD乙肝病毒变异者，将博路定剂量提高一倍能有效抑制HBV-DNA的复制。博路定的批准上市，使乙肝患者在治疗时多了一种选择。但现有的抗病毒药物对病毒复制时期的载量高低要求不同，因此，乙肝患者一定要遵医嘱进行HBV-DNA复测随访，把握最佳治疗时机。
不同于一个真正的生物体，病毒并不通过生长和分裂等方式繁殖自身，而是像我们铸造机器零件一样，按照一定的模具拷贝出来的。病毒DNA中包含有一些程序，指导病毒的遗传物质和其他一些结构蛋白组分增殖。另外，病毒DNA中还包含有一些信息，使得单一组分能够在细胞因子的帮助下，自发组装成新的病毒颗粒。
在医学上，病毒的繁殖被称之为“复制”，在复制的过程中，有两个很重要的因素：一个是催化剂，另一个是模板。没有这两个因素，乙肝病毒就不能复制。乙肝病毒复制的“催化剂”就是乙肝病毒DNA聚合酶。没有这种聚合酶的作用，乙肝病毒的复制就会停止。
乙肝病毒的基因组（DNA）是由两条螺旋的DNA链围成的一个环形结构。其中一条较长负链已经形成完整的环状；另一条长度较短的正链，呈半环状。在感染肝细胞之后，这条半环状的DNA链就会以负链为模板，在催化剂——乙肝病毒DNA聚合酶的作用下延长，最终形成完整的环状。这时的乙肝病毒基因组就形成了一个完全环状的双股DNA.我们把这种DNA称作共价闭合环状DNA（即cccDNA），可以把它看成是病毒复制的原始模板。模板形成后，病毒基因会以其中的一条cccDNA为模板，利用肝细胞基因中的酶和DNA聚合酶的“催化”，一段基因又一段基因地复制，形成负链和正链。最后再装配在一起形成新的乙肝病毒DNA颗粒。
这种cccDNA是乙肝病毒复制中重要的中间产物，一旦它在肝细胞核内形成，就具有高度的稳定性，可长期存在于肝细胞内，不但起着刚才所说的“模板”作用，而且还像深深扎根在泥土里的野草一样很难完全清除。不论用什么抗病毒药物，不论细胞内的DNA受到多大的抑制，也不论用药的时间有多久，都很难清除这种cccDNA。只要肝细胞内有很少量的cccDNA，当停药后，核内的cccDNA又可以再次成为病毒复制的“模型”，继续复制乙肝病毒的DNA，这也是乙肝很难根治的原因。
“乙肝两对半”检测的其实并非乙肝病毒的传染物质和致病物（换句话说，不是活的乙肝病毒），所以检查“乙肝两对半”只能反映一个人是否感染过乙肝，却不能直接深入地揭示乙肝病毒在人体内的复制和致病情况，也就不能更好地指导临床用药和制订治疗方案。为了寻找到一个正确合理的病毒量化指标，专家们经过多年研究，找到了一个有效的办法——乙肝病毒DNA定量试验。这种试验可以反映患者血中活的病毒量，有助于了解乙肝病毒在患者体内的消长。乙肝病毒DNA是含有遗传信息的物质，它是复制子代乙肝病毒的基础。因此了解了乙肝病毒DNA在患者体内的消长情况，就间接地弄清了乙肝病毒的复制情况。
