韩菼以其文才好，颇受玄烨器重，曾召入弘德殿进讲《大学》，主纂《孝经衍义》，赞他“文章古雅、旷古少见”，赐榜“笃志经学、润色鸿业”。后因为两江总督阿山辩护，失宠于皇上。康熙下诏称其：“教习庶吉士不勤”，拒绝了韩菼的再三乞退，致其病死任上。

康熙三十三年（1694年）徐乾学病逝，韩菼总裁《大清一统志》。

康熙四十三年（1704年）去世，《大清一统志》又被搁置。谥文懿，人称韩文懿公。著《满清入关暴政》（《江阴城守纪》为其第一卷）等。（考辩：江阴城守纪不可能是韩菼本人的作品，江阴城守纪中称写作时间为康熙乙未，即1715年，而韩菼此时已经去世11年了。）

韩家先世是凤阳人（今属安徽），后迁于长洲，乃书香门第。韩菼的曾祖、祖父和父亲都通过科举入仕，做过地方官或京官。母亲姓周，身世不详，盖也名门闺秀。生长在这样家庭中的韩菼好学上进，擅长诗词古文；他也喜欢山水，常邀好友结伴出游；他还嗜酒豪饮。韩菼性倔强，不盲从，凡他不喜欢做的事，任谁劝说，决不心动。康熙十一年（1672）八月，韩菼考中顺天乡试，成为一名举人，翌年二月，韩菼参加礼部会试，夺得第一名会元。

四月，参加殿试。殿试考时务策，韩菼在时务策策文中指斥“三藩”拥兵自重，图谋不轨，应尽快撤销。殿试结束，担任评卷的“读卷大臣”把前十名的卷子送呈康熙。康熙正在筹划撤藩，韩菼的对策正中他下怀，遂在韩菼卷的卷首殊书“第一甲第一名”六个大字。

韩菼成为满清第十四位状元，年三十七岁。

中状元后，韩菼入翰林院为修撰，掌修国史。不久，以修撰身份充任日讲起居注官，随从康熙出席各种重大活动，笔录手册，按年编次起居注。

有一日，康熙下旨命其编著《太极图说》，三天后，康熙又令他作二首诗进呈。康熙读后大加赞赏。翌日，又命他把平日的文稿全部进呈上来，康熙读罢，对韩菼的学识更加赏识，在弘德殿召见了他，让他讲解《大学》，又命他主持《孝经衍义》的编写。此书自顺治起开始编纂，迟迟未能完书，韩菼接管后，组织一批儒臣，通力合作，完成了此书。全书包括《凡例》、《目录》1卷，《经旨总要》2卷，《衍义》100卷。韩菼凭借他的文才博得了康熙的恩宠。

康熙十四年八月，韩菼出任顺天乡试正考官。十五年，迁右春坊右赞善。十六年三月，转为左春坊左赞善。这两个官职无什么实权，仅供翰林院官员升转。到了十月，康熙授予他侍讲官位，侍从皇上，讲解经史。十七年，再次出任顺天乡试正考官。

到了康熙十八年，韩菼乞假回家，改葬父母。他在家住了整整5年。改葬父母，无需这么长时间。他在家一住5年，定另有其因。对此，史书未详。从韩菼一生的经历来看，他此时已有激流勇退，归隐田园，潜心治学的念头。他在家一住5年，当与此有关。

但是，他未能如愿。

康熙二十三年八月，韩菼回京，仍做他的侍讲官。不久，转为侍读。

康熙二十四年二月，康熙考试翰林院官员，韩菼的好友、昆山（今属江苏）人徐乾学名列第一，韩菼名列第二。徐乾学入值南书房，韩菼升为翰林院传讲学士。一个月后，招为内阁学士。内阁学士位次内阁大学士，掌传达诏命及章奏，例兼礼部侍郎衔，从二品，是朝中颇有权势的大臣。

至此，韩菼入仕仅仅14年，若扣除在家居住的5年，韩天的仕途生涯仅9年，便成为朝中从二品大员，他是当时青云直上的官员之一。一些官员开始妒嫉起韩菼来，竟动员他早点致仕，即退休回家，甚至威胁他尽快离去。韩菼道：“这正是我的心意。”康熙二十六年，他便托病辞归乡里。打算终老乡里，读书自娱。

韩菼在家一住又是8年，潜心研究学问，从《六经》到汉儒的笺注、唐儒的义疏、宋儒的章句，无不悉心钻研；司马迁的《史记》，班固的《汉书》，陈寿的《三国志》，也是他极推崇的；唐诗、宋词，他也反复吟诵。他还时常以诗歌古文教导乡里后进。闲暇时，便与三、二个友人徜徉于泉石间。

在韩菼回乡的第三年，徐乾学也回到了昆山。徐乾学是康熙九年第一甲第三名进士，即所谓的"探花"。他的二弟徐秉义是康熙十二年第一甲第三名进士，与韩菼同榜，也是一名探花。而他的三弟徐元文，则在顺治十六年（1659）荣膺状元桂冠。"昆山三徐"名震天下。"三徐"步入仕途后，恃权纳贿；他们的子侄依仗父祖的权势横行乡里。一些官员上疏弹劾徐乾学，徐乾学辞归乡里。不久，朝廷追查"三徐"和他们子弟的不法行为，予以严惩。"三徐"的好友怕受牵连，疏远、躲避"三徐"，甚或攻击"三徐"，以洗涮自己。

韩菼推重“三徐”的才学，不满“三徐”的恃权纳贿等不法行为。但在"三徐"遭到攻击、指斥的时候，他没有象"三徐"的其他朋友那样，疏远、躲避，甚或是攻击"三徐"，而仍象从前一样与"三徐"往来，替他们辨解一些不应有的罪名。

康熙三十四年七月，玄烨又下诏召韩菼回京，命他充任《大清一统志》的总裁官。两个月后，擢为礼部右侍郎兼翰林院掌院学士。

三十八年，调任吏部右侍郎。

三十九年，擢为礼部尚书。康熙极赏识韩菼的才学和人品，诏谕大臣说：“韩菼乃天下才，风度好，奏对也合朕意。”又下诏道：“韩菼学问优异，文章古雅，旷古少见。”又下诏说：“韩菼所撰文章，能道出朕心中事。”

四十一年十二月，康熙特赐韩菼“笃志经学，润色鸿业”匾额。

康熙有心让韩菼出任内阁大学士。但是，一次变故使康熙讨厌起韩菼来。

康熙四十年三月，安徽巡抚高永爵奏劾布政使张四教加派火耗、挪用库银计30万两。康熙命两江总督阿山调查此事。阿山奏称这笔银两系康熙三十八年皇上南巡时的花销。康熙览奏怒诏：“朕三次南巡，所过地方，蠲免钱粮，开仓济贫。朕的一切开销，都是在京城就准备好了的，未动用地方一丝一毫。”命将张四教、阿山交部查处。正在这时，漕运总督桑额鞫讯张四教，张四教招供。而阿山与张四教为姻亲，故包庇张四教。康熙让各部大臣聚议，怎样惩处阿山。最高监察官左都御史说：“依律当诛！”韩菼不同意处死阿山，为他辩解了几句。那些忌恨韩菼的人，便乘机诽谤，说韩菼是如何如何地偏袒阿山。康熙大怒，韩菼从此失宠。

康熙四十二年十二月，韩菼上疏，称身体有病，乞请致仕。康熙未准，诏令：“韩菼因擅长诗文而屡被擢用，至礼部尚书。从前掌翰林院事时，对庶吉士不勤加教习，每天带着他们喝酒，致使庶吉士都怠于学习。各部大臣商讨国事时，韩菼也不直言，只随声附和几句，他的行为远不如他的才学。他如今知罪了，托病求罢，不合臣子之义。命他仍留任礼部尚书，戴罪立功！”

到四十三年四月，韩菼再次上疏乞求辞官，康熙还是不准。这年八月，韩菼病死在礼部尚书任上，享年68岁。

第二年，他被移葬故乡。他的子女请他的好友朱彝尊题写墓碑。另一个好友方苞，为他撰写了墓表，道：“公之生也，众以为贤，而自视乃缺然。公之殁也，人为之悲，而乐之其如归。更千秋而万岁，孰能察公之时义，而识其心之精微。”

韩菼死后48年，即乾隆十七年（1752）二月，乾隆诏谕内阁：“故礼部尚书韩菼生平博学多识，精通经术，他所撰写的文章清新文雅，开一代风气，足为学林楷模。从前没有请谥，今加恩追谥，以示褒荣。”赐谥号曰“文懿”。