司马绍幼年聪明，受到父亲司马睿特殊的宠爱。永嘉元年（307年），司马绍随父亲司马睿一同移镇建业（后改建康，今江苏南京市）。

建兴元年（313年），晋愍帝司马邺继位，升任司马睿为左丞相，以司马绍为东中郎将，镇守广陵。

建武元年（317年）三月初九日，司马睿即晋王位。四月初四日，司马睿立司马绍为晋王世子。

太兴元年（318年）三月初十日，司马睿即位称帝，是为晋元帝。三月二十四日，晋元帝立司马绍为皇太子。

司马绍性情极为孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻。当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见不能使司马绍屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。

王敦之乱时，王室六军溃败。司马绍欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发。太子中庶子温峤坚决谏阻，抽剑斩断马套绳，这才作罢。

王敦平素认为司马绍神武有明略，为朝野人氏所钦

司马绍聪明敏捷，能随机断事，尤其明白事理。在位期间，兵乱连年，饥荒不断。死于饥荒战乱瘟疫者，超过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响深远。

东晋自建国以来，北方侨姓士族与南方吴姓士族之间的矛盾一直很尖锐，吴姓士族往往受到排挤与压制。明帝为了稳定东晋政权，临终前一个月，还下诏说：“吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”力图调解这个矛盾，以期打破宗族界限，为国家选拔人才。在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时“务从简约”，不得奢侈。

曹毗《晋江左宗庙歌》之六：“明明肃祖，阐弘帝胙。英风夙发，清晖载路。奸逆纵忒，罔式皇度。躬振朱旗，遂豁天步。宏猷渊塞，高罗云布。品物咸宁，洪基永固。”

南朝齐·谢赫《古画品录》：“虽略于形色，颇得神气。笔迹超越，亦有奇观。”

唐·房玄龄等《晋书》：“帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。”

清·王夫之《读通鉴论》：“明帝不夭，中原其复矣乎！天假五胡以乱中夏，气数之穷也，帝乃早世！王敦之横，元帝惴惴而崩，帝以幼冲当多难，举动伟然出人意表，可不谓神武哉？”

司马绍年幼时，其父晋元帝闲坐，将他放置在膝前，正遇长安使者来，因问司马绍说：“你说日与长安哪个远？”司马绍回答说：“长安近，不曾听说过人从日边来，由此就可以知道了。”晋元帝觉得奇异。第二天，群臣宴会时又问他这个问题，回答说：“日近。”晋元帝脸色一变说：“怎么和昨天说的不同呢？”司马绍回答说：“抬头就望见日，但却望不见长安。”由此晋元帝更觉得他是个奇童。

司马绍想挖池塘，修亭台，他的父亲晋元帝不答应。当时司马绍还是太子，喜欢招养武士。有一晚半夜叫这些人挖池塘，到天亮就挖成。这就是当时的太子西池。据说是东吴时所挖成的，名叫西苑，后来淤泥积满，司马绍时又修复，故俗称太子西池。

太宁元年（323年）六月，王敦将举兵向京师进发，晋明帝暗中得知，于是骑着巴滇骏马微服出行，到王敦驻地于湖，沿着王敦的营区走了一圈就出来了。王敦的士兵发现了，说：“这不是普通人啊！”这天王敦白天睡觉，梦见太阳绕其城，受惊而起，说：

父亲：晋元帝司马睿

母亲：宫人荀氏，死后追赠豫章郡君

弟弟

二弟：琅邪孝王司马裒，司马绍同母弟

三弟：东海哀王司马冲

四弟：武陵威王司马晞

五弟：琅邪悼王司马焕

六弟：晋简文帝司马昱

姐妹

寻阳公主，嫁荀羡

明穆皇后庾文君，庾琛之女，庾亮妹，生晋成帝、晋康帝

儿子

晋成帝司马衍

晋康帝司马岳

女儿

南康公主司马兴男，下嫁桓温

庐陵公主司马南弟，下嫁刘惔

南郡悼公主，下嫁羊曼之子羊贲

《晋书·卷六·帝纪第六》

《资治通鉴·晋纪》