1927年秋，国民军师长赵席聘任河州镇守使，征兵要款，触犯宗教禁忌，激起穆斯林强烈反对。

1928年春天，冯玉祥的国民军与甘肃河州穆斯林发生矛盾，国民军大规模清乡，时马仲英父亲马宝为马麒的宁海军一个营长，有病休养在河州老家，马宝做为请愿的代表，也被扣留送兰州，被国民军怀疑“通匪”而遭逮捕枪决。在军校学习的马仲英遂联合宁海军军官马腾、马仪、马虎山、马古里拜、马七三、马丹巴6个私逃河州，袭击了一队国民军运输队，缴获了大批武器。到达河州后，召集当地两三万民众建立武装“黑虎吸冯军”，自称司令。因为当时只有16岁，被称为“尕司令”。

马仲英三度围攻河州，并且提出“不杀回、不杀汉，专杀国民军办事员”的口号，先后3次围攻河州，战争一度进展到离兰州仅60公里的牛心山，兰州为之震动，1928年夏末，冯玉祥调集吉鸿昌、孙连仲、佟麟阁等部，对马仲英发起反攻，激战7昼夜，马仲英战败，一路撤退到岷州。十二月马仲英卷土重来

死亡之谜

《马仲英在新疆》一书从征集到正式出版，历时较长。最早追溯到1966年2月，在北京全国政协召开的第二次全国文史资料会议，在会上，甘肃省政协主管文史工作的沈副秘书长说，他们征到不少马仲英在甘肃活动的稿件，但马仲英最后到了新疆，所以，马仲英在甘肃的史料给新疆，两省合起来出一本完整的全面反映马仲英的史料。随后在1966年4月，甘肃省政协把马仲英在甘肃活动的史料寄来了，共14篇，约9万字。不久，文化大革命开始了，政协的各项正常活动停止了，文史资料工作也停止了。到1969年底，政协清队结束，政协机关撤销，所有政协机关工作人员去呼图壁县芳草湖农场“五·七”干校。所以文史资料稿件交给了自治区档案馆。一直到1977年政协机关恢复工作，原有的文史资料稿件又从自治区档案馆要了回来，其中包括马仲英的史料。1980年，甘肃省政协来函，把寄给我们的马仲英史料要了回去。

1980年召开的第三次全国文史资料工作会议，

其父马宝与20年代末期西北“五马”之一的青海省主席马麒是叔伯兄弟，在辛亥革命后割据青海，奠定了马氏家族在青海的统治达40年之久。

发妻马秀英，儿子马光援（1933年生）

马仲英在新疆的征战为后来新疆的发展留下了深远的影响：

20世纪三十年代南疆“东突厥斯坦共和国”的覆灭离不开马仲英。

盛世才为了抵御马仲英而投靠苏联，使新疆成了一个亲共的地区。但盛世才如此行为全为形势所迫，后来他就转向反共。

新疆的部分“疆独”分子的口号“杀汉灭回”口号，把同样信奉伊斯兰教的回族列为敌人，源自马仲英的回族武装和南疆分裂分子的冲突。