1841年生于浙江杭州市余杭镇澄清巷。其父杨朴堂以种桑养蚕为生，家道小康。家世以种桑养蚕为业。

杨乃武自小聪慧过人，二十多岁考取秀才，三十三岁考中癸酉科举人。杨乃武为人耿直，爱打抱不平，曾在县衙照壁上书写“大清双王法，浙江两抚台”一联，讽刺余杭知县刘锡彤贪赃枉法，与官府结下怨仇。

当时，余杭镇上有一丽人名毕秀姑，生得白皙秀丽，平时又爱穿白色上衣绿色裤子，人称“小白菜”。十七岁嫁与豆腐店帮工葛品连为妻。次年葛氏夫妇租住杨乃武家。杨、葛二家毗邻相居，初时和睦融洽。但好景不长，由于毕氏年轻俏丽，举止大方，葛品连心胸狭窄，多疑善妒，毕氏婆母葛喻氏凶悍泼辣，蓄意寻衅；加之杨乃武丧偶鳏居，深居简出，虽然并无半点真凭实据，却横生枝节，终于传出毕氏与杨乃武关系暖昧的流言。杨乃武书生自重，急于脱嫌，便以入不敷出为名退租，大幅度提高房租。葛品连早已忿然，亦心领神会，顺水推舟，于第二年夏迁出杨宅。从此，杨、葛无关无涉

清末，余杭士子杨乃武应乡试中举，摆宴庆贺。房客葛小大妻毕秀姑颇有姿色，人称“小白菜”。她本是葛家童养媳，曾在杨家帮佣，与杨乃武早有情愫，碍于礼义名份，难成眷属，只得各自婚娶。余杭知县刘锡彤曾为滥收钱粮敛赃贪墨，被杨乃武联络士子上书举发，断了财路，心怀怨隙。他儿子刘子和用迷药奸污了毕秀姑，又把她丈夫葛小大毒死。刘锡彤为保住儿子性命和发泄私愤，便移花接木，把杨乃武骗至县衙，严刑逼供，以“谋夫夺妇”定拟，问成死罪。杨乃武和其胞姐杨淑英、妻子詹氏不服，屡屡上诉，历时二年，前后几十堂，皆因刘锡彤上下疏通贿赂，以致官官相护，依旧判定死罪，并详文刑部。詹氏也因上告失败而获罪被拘，幸同科举人汪士屏联合士绅上书刑部辨冤，刑部侍郎夏同善驳回详文，并请得谕旨命浙江三大宪会审。杨淑英为救弟弟，怀抱侄儿去省城探监，求秀姑据实翻供，毕秀姑深觉愧疚，当即应允。谁知浙江巡抚杨昌浚为保住自己面子和众多参审官员顶子，依仗拥兵边

杨乃武1840年出生于余杭县城，父亲杨仆堂以种桑养蚕为业，家道小康，生有两子一女。长子乃文早夭，女儿菊贞出嫁后不久丧夫，寡居娘家。杨乃武是家中的第二个儿子，所以人们称他为杨二先生。1860年杨乃武20岁时中秀才，1873年33岁时中举，也就是冤案发生的那一年。他是一个正直和爱打抱不平的人，经常为乡亲们写诉状，所以那些恨他的人称他为“讼师”。他也是一个性情孤傲的人，有自已的行事原则，不太理会别人的看法。这些品行和性格都使他与官府格格不入。传说中有许多他与地方政府官员作对的事，包括与新上任的知县刘锡彤因船过桥洞而发生争执，因为贪婪的粮官通过“踢斗尖淋”鱼肉百姓而进行控诉，并写下“大清双王法，浙省两抚台”的谤诗。他与官府的紧张关系也是构成冤案的一个潜在的因素。小白菜原名毕秀姑，关于她的身世有不同的说法，有人说她是太平军战士的女儿，太平军败后从南京逃难到余杭，父亲死后由喻王氏抚养，也有人说她是余杭仓