1820年，阿古柏出生于塔什干附近的一个村子里，他的族属一直都并不清楚，一般认为其是乌兹别克人。其父伊斯迈特·乌拉，是个医生加巫师，在村中负责替病人诵古兰经祈福。出生后不久，其父母离异，幼小的阿古柏跟随改嫁的母亲，数年之后，其母亲死去，阿古柏成为了孤儿，流落塔什干街头，成了娈童，被送给穆罕默德·卡里姆·卡希卡，马达里汗的侍从官。

1842年，马达里败于布哈拉汗国，战死沙场。布哈拉进占浩罕城，全国一片混乱。时任浩罕阿奇木伯克的卡希卡也加入对汗位的角逐中。很不幸，他失败了，而且丢掉了性命。已经长大成人的阿古柏随即回到家乡投奔塔什干伯克纳尔·穆罕默德·库什，并将美丽的同母妹妹献给了库什，这样，他获得了成为库什副官的机会。不久以后，库什派其出任五百人长，负责镇压塔什干境内的哈萨克人起义。阿古柏骁勇善战，屡立战功，1860年左右，晋升为阿克麦吉特（今纳罗夫斯基）伯克，成为拥有自己势力的一方诸侯。从此时起

阿古柏在新疆活动前后十余年，他的征战被绝大多数中国人认为是不折不扣的侵略行为。王震将军就曾说：“阿古柏是从新疆外部打进来的，其实他是沙俄、英帝的走狗。”同时由于他的重税政策和严苛的伊斯兰教法统治，遭到了大多数新疆当地居民的反对，“见到安集延人（浩罕人的别称）就杀”的口号一时响彻天山南北。

西方人也在此时期第一次可以自由踏足新疆，阿古柏败亡不久以后，英国和俄国先后在喀什开设了总领事馆，加强了对中国西部的渗透和争夺。