弘治七年（1494年）农历九月初一日（9月29日），朱纨生于狱中，从小生活贫苦。

正德十六年（1521）进士。历官景州知州、开州知州。嘉靖初年迁移为南京刑部员外郎。历四川兵备副使，屡迁至广东左布政使。

嘉靖二十五年（1546年）擢右副都御史，巡抚南赣。

嘉靖二十六年（1547年）改提督浙、闽海防军务，巡抚浙江，防御倭寇。明朝初年明太祖曾经定制，片板不许入海。当时，倭寇大肆侵扰东南沿海。浙闽海防废坏不堪，战船、哨船十存一二。海盗商人、浙闽豪门势家多与倭寇勾结，假济渡为名，造双桅大船，运载违禁货物。将吏不敢诘。

朱纨为官清正，强力敢认，是个难得的贤臣。初到闽浙，朱纨很快发现，所谓的“倭寇”其实并非明朝初年那样的日本海盗。除了极少数被中国人雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的中国人。由于闽浙沿海的人地矛盾十分突出，而宋元以来数百年的海上贸易已经成为东南沿海居民最重要的求生之路。即

《明史》：①朱纨欲严海禁，以绝盗源，其论甚正。②纨执法既坚，势家皆惧。③纨清强峭直，勇于任事。

朱纨提督浙、闽海防军务期间，在闽浙沿海厉行保甲连坐制度，大力整顿海防；嘉靖二十七年派都司卢镗攻克倭寇巢穴双屿港，又在次年令卢镗在走马溪击败有葡萄牙人参与的海盗，取得走马溪大捷。

朱纨是典型的传统封建官吏，忠君爱国是他的主导思想，自己又是正直无私，为官清廉。时闽浙地主豪绅多暗地进行走私，从表面上看应该是支持开海禁的，但他们因走私而得到巨大的利益而反对开海进行贸易，从而能让对外交易（走私）掌握在自己手朱纨看到闽浙的武装走私集团已和葡萄牙、日本等武装走私集团结为利益集团，国家在基层的管理机构形同虚设，国家利益受到严重损失，有的岛屿已成独立王国。他决定在闽浙实行在政府监控下的对外贸易制度，对武装走私的中外船只进行打击，并对通风报信的岸是中国内奸实行严厉惩罚措施，他的坚决打击措施，导致当时既得利益获得者受到损失，地方和朝廷中的闽浙籍官僚联合对朱纨进行诬告，这才是朱纨被罢的根本原因。明时闽浙沿海地区豪绅从走私活动中获大益，当地人民不思好好种粮，以参与走私讨海洋生活成为从属的得益者，朱纨的政策维护了国家利益，使当地一些人受到严重打击，而被视作眼中钉。朱纨被迫害致死后，东南海防废弛