孙元化为一代儒将，其祖父孙抬是明给事中孙浚的后裔，居江东高桥镇(今上海浦东)，有子3人。父亲孙继统，致力于诗作，不愿为官，后迁居嘉定。明神宗万历九年(1581)，孙元化出生在嘉定县高桥何家弄，后迁居嘉定县城。他“天资异敏，好奇略”，(光绪《嘉定县志·人物》)曾到上海县徐光启学馆受业。(程嘉燧《寿怀西徐翁序》)明万历四十年（1612）举人，从徐光启学习火器和数学，只因热心西学，未能考中进士，遂放弃科举功名，潜心研究西学。

孙元化因恩师徐光启接触到西洋教士和西学。在徐光启入教后，他确认天主教能“补益王化，左右儒术，救正佛法”后，于天启元年(1621)在北京受洗入教，即邀请洋教士到家乡嘉定开教，遂使嘉定成为中国天主教活动中心之一。

天启二年（1622），辽省防务吃紧，孙元化向朝廷条呈《备京》、《防边》两策，受到朝廷的重视。兵部尚书孙承宗出任蓟辽经略，用孙元化筑台制炮主张，筑宁远城，孙主其事。(《明史·

孙元化在恩师、明代早期的基督徒徐光启的影响下，爱教爱西学，与教士结下深厚情谊。万历四十四年（1616）“南京教案”发生，驱逐教士。孙元化像徐光启一样保护教士，让教士毕方济、费奇规到他嘉定家中避难。1621年，孙元化41岁，在北京入教。《利玛窦中国札记》赞扬这是徐光启努力的结果，说徐使孙成为“虔诚”的教徒。徐光启第12世裔徐宗泽神父《中国天主教传教史概论》记：“嘉定孙元化是徐文定公（即徐光启）的门人，由徐公被化。”对入教时的孙元化，教会著作或说“尚未中举”（《中国天主教史人物传·孙元化》，或说“嘉定进士孙元化”信教（费赖之《入华耶稣会士列传·郭居静》），均误。前者所据《明史》本传，失实，后说是臆断。据1992年《嘉定县志》卷35，孙中举在万历四十年（1612）。后来，孙三考进士未中。同书卷25《明清进士题名录》也无孙名。

孙元化信教后，即赴杭州教友杨廷筠家中，邀请洋教士到家乡嘉定传教，于是有教士

孙元化“绝世聪明，于古今远近之书无不读”（《中国天主教史人物传·孙元化》），成为学贯中西的大学者，尤以西学见长，著作甚丰，大多与西学有关，今分类考订如下：

①《周礼类编》四卷

光绪《嘉定县志·艺文志·经部》存目，并有陆元辅对此书的赞语，说《周礼》仪礼三百篇，经本书类编后，明白易晓。

②《三古姓系汇谱》三十卷

光绪《嘉定县志·艺文志·子部》存目，有钱东垣跋。

③《离骚解》

光绪《嘉定县志·艺文志·集部》存目。

①《几何用法》一卷

万历三十四年（1606），徐光启与利玛窦合译《几何原本》，孙元化随徐“于每日三四时到利寓所”，参与其事（裴化行《利玛窦传》），对几何学有独到的见解。万历三十六年（1608），徐光启《几何原本》问世，孙元化则著有《几何用法》一卷，《宝山县志·艺文志》存目。丰顺氏《持静斋书目·子部·天文算学类》收此书。上海东方图书馆藏有孙元化《几何用法》抄本一册，凡48页，前有自序：

子先师受几何于利西泰

研究孙元化生平，其籍贯不可不辩，因为诸家说法不一，共有四说。一作嘉定人（《明史》），一作云间（松江）人（《睡答》、《画答》），一作宝山人（《中国天主教史人物传》），一作川沙人（《嘉定古今·民族英雄孙元化》）。之所以众说纷纭，是因为孙的出生地高桥镇历史上曾属嘉定、宝山、上海、川沙县。因为上海县属松江府，上海县人孙元化自然就是松江（云间）人了。历史上高桥属县一变，孙元化籍贯也一变。照此说法，今高桥属上海浦东新区，孙元化籍贯应改作上海市浦东新区。虽说这些说法并非毫无道理，只是读者难明其中原委，会引起疑问。史家撰史，应尊重历史，历史人物的籍贯只能以其出生地当时的属县来定，孙元化籍贯应依《明史》，作嘉定人。

孙元化“从军辽东，经营登莱，汰冗兵，省辽饷，安抚流民，雇用西士，勤勤恳恳，竟图恢复大业”，（宋伯胤《孙元化著述略述》）无奈偶一失慎，为人所误，致生兵变，招抚不成，登州失守，过错不轻。崇祯若是知人爱才，眼光远大应听从辅臣周延儒、徐光启意见，免他一死，让他带罪任事，发挥一技之长，近则有利辽东防务，远则将开创西学东传新局面。无奈崇祯眼光短浅，杀害英才，铸成大错。俗话说：“千军易得，一将难求。”对于绝无仅有的专门人才、国宝级人物，是不是可以说：“十将可得，一家难求呢？”尊重知识，尊重人才，特别是尊重爱护科技英才，关系到国家盛衰，杀孙元化留给后人的教训，实在是太深刻了！