万历二年（1574年），李三才考中进士，授职户部主事。万历十一年（1583年），李三才升任户部郎中。与南乐的魏允贞、长垣的李化龙以经世致用相互勉励。等到魏允贞因为议论朝廷、违背辅臣意思而遭到皇帝责备时，李三才抗旨为他申辩，结果被贬为东昌推官。再改任南京礼部郎中。恰好魏允贞、李化龙与邹元标等在南曹做官，彼此愈加来往密切，他们都讲求经世致用，由此名声更大了。随后调任山东佥事，山东多狡猾的大盗，李三才多方设计圈套，将他们一一剿灭逮捕。不久升任河南参议，又升副使。相继又做过山东、山西两省学政，因颇有政绩，被提拔为南京通政参议，后来又被朝廷征召为大理少卿。

万历二十七年（1599年），李三才以右佥都御史总管漕运，巡抚凤阳各府。当时矿税使横行各地。李三才所辖范围，徐州由宦官陈增、仪真由宦官暨禄收商税，扬州由宦官鲁保征收盐课，沿江由宦官邢隆征收芦课税，蔓延千里。矿税使任用奸徒，伪造印章，所到之处如追捕叛乱和

抑止税监

抚淮期间，针对横行一时的矿税监问题，李三才连疏上奏，指出矿监税使搜括民脂民膏以供自己挥霍，结果弄得各地怨声载道。并批评万历皇帝不理朝政。万历皇帝不予理睬，李三才再次上疏责备皇帝不理政事，不听忠言。同时，李三才还诉诸行动。当时矿监税使中最横行的是陈增，深得万历皇帝的宠信，谁也不敢动他。鉴于此，李三才用计除去了陈增的得力助手程守训，打击了陈增的嚣张气焰。

治理淮河

李三才抚淮十三年，在当地很有政声。他所辖凤阳、淮扬一带是连年发生灾害的地区，李三才任淮抚前，万历元年（1573年）到万历二十七年间（1599年）史载有不下15次大灾。李三才在职期间体恤民情，多次要求朝廷减免本地清粮，并发粮赈灾。如万历三十六年（1608年）十二月上书题“江北灾伤请乞酌量瀚恤”。为彻底解决淮河水灾，他致力于治河，并提出种种方案，这些方案对于治理淮河是极有成效的。

《明史·列传第一百二十》评：①三才才大而好用机权，善笼络朝士。抚淮十三年，结交遍天下。性不能持廉，以故为众所毁。其后击三才者，若邵辅忠、徐兆魁辈，咸以附魏忠贤名丽逆案。而推毂三才，若顾宪成、邹元标、赵南星、刘宗周，皆表表为时名臣。故世以三才为贤。

②赞曰：朋党之成也，始于矜名，而成于恶异。名盛则附之者众。附者众，则不必皆贤而胥引之，乐其与己同也。名高则毁之者亦众。毁者不必不贤而怒而斥之，恶其与己异也。同异之见歧于中，而附者毁者争胜而不已，则党日众，而为祸炽矣。魏允贞、王国、余懋衡皆以卓荦闳伟之概，为众望所归。李三才英遇豪俊，倾动士大夫，皆负重名。当世党论之盛，数人者实为之魁，则好同恶异之心胜也。《易》曰：“涣其群，元吉。”知此者，其惟圣人乎！

祖父

李禄，李三才家世代为武功右卫的军官，至祖父李禄时调任北京为官，遂举家迁往北京。

父亲

李珣，字德润，别号次泉。官至户部员外郎。

李三才有诗才，钱谦益的《列朝诗集小传》中有他的传，陈田的《明诗纪事》卷一一、朱彝尊的《明诗综》卷五二都收有他的诗。李三才在任淮扬巡抚时的奏疏集《抚淮小草》于万历三十一年（1603年）出版，陈子龙等编的《皇明经世文编》卷四二一选录了他的六篇奏稿。另外，据光绪五年（1879年）的《通州志》和《明诗综》载，李三才还著有《双鹤轩诗集》《灼艾集》《无自欺堂稿》《诫耻录》和《鹪鹩轩诗集》等，现均不存。

李三才是一个极有争议的人物，集诋毁、赞誉于一身。各方从不同的政治立场出发，分成了两派：浙党、宣党、楚党等党派肆意排挤攻击李三才，而东林党人则极力为他辩护。

诋毁者以浙党邵辅忠首发其难。他在万历三十七年（1609年）十二月上疏，说李三才“大奸似忠，大诈似直”，并列举李三才“贪伪险横”四大罪。御史徐兆魁紧接其后上书弹劾，指责李三才为人反复不定，翻云覆雨，贪图入阁追求浮名。即便在李三才去职家居也未能逃脱三党对他的攻击，万历四十二年（1614年），御史刘廷元参李三才“盗用皇木，结交内侍起官”；御史刘光则说李三才“盗用皇木营建私宅。且与于玉立相勾结”，又说他“侵夺官厂为自己的园苑”。紧接其后三党大力攻击李三才。

东林党人则大力支持李三才。如工科给事中马从龙，御史董兆舒、彭端吾，南京工科给事中金士衡等连章上书与三党争论，为李三才辩雪。远在无锡乡居的顾宪成也非常关注，他致书内阁首辅叶向高，极力推荐李三才，说李

《明史·列传第一百二十》