绝大多数的慢性乙肝患者携带病毒将会是终身性的，无论病情轻重，无论是乙肝“小三阳”还是乙肝“大三阳”，无论血液化验检查表现出怎样的结果，肝组织里的乙肝病毒始终存在，为什么会这样呢?
(1)乙肝病毒一旦侵入机体，往往以肝脏为“大本营”，病毒感染肝细胞核，形成共价键闭环DNA(cccDNA)，这种超螺旋结构是病毒复制的模板，由于其结构稳定，并潜藏于肝细胞内，要想将它清除掉，非常困难，目前使用的种种抗病毒药物，使用得当，有可能将游离在血液中的病毒清除，但是不可能清除肝细胞内的整合状态的病毒，只要一停药，肝细胞内的病毒模板又会不断复制出新的病毒，释放到血液中，因此病毒“巢穴”难以捣毁，病毒会长期潜伏，定期检查可以了解病毒的复制情况和变异情况。
(2)目前尚无治疗乙肝的特效药物问世，最好的抗病毒药物，例如长效干扰素、核苷类抗病毒药物，也只能起到抑制病毒复制的作用，药物在使用过程中，病毒复制只得到有效的抑制，病情相对稳定，但是治疗停止后不久，病毒复制又可能死灰复燃，病情再次活动起来。
(3)乙肝病毒多处存在：乙肝病毒为泛嗜性病毒，可在肝脏、胆管上皮细胞、胰腺、淋巴细胞等组织和细胞中存在和复制。抗病毒药物较易清除血中乙肝病毒，而组织细胞中的乙脏病毒不易被清除或清除较难，成为复发的重要原因之一。
(4)病毒基因类型和准种：研究结果表明，我国乙肝患者的基因类型主要为B型、C型和BC混合型，这些类型容易慢性化，并且易向肝硬化演变，同时对于干扰素等抗病毒药物难起应答。每一个乙肝患者本身病毒还存在不同的准种，使得每一个患者携带的病毒基因测序，都会有所不同，想要发明一种药物，同时解决所有的病毒准种，几乎成为泡影。我国乙肝患者表面抗原有着不同亚型，主要为adw、adr，这些亚型不同于欧美国家乙肝表面抗原亚型，这可能是抗病毒药物对于我国乙肝患者难以奏效的又一原因。
(5)免疫耐受：家族性的母婴或父婴垂直传播与婴幼儿水平传播是我国乙肝传染发病和肆虐的主要原因。机体的免疫系统尚不成熟的发育阶段，一旦感染乙肝病毒，无法识别或清除，乙肝病毒长驱直入，到肝脏安营扎寨，待机体发育成熟后误将乙肝病毒当作自身成分而难以发挥排斥或清除作用。这是我国慢性乙肝难治性原因之一。
(6)基因整合：早期感染乙肝病毒，由于免疫耐受常无异常表现，至偶然查体被发现而开始治疗时，中间往往间隔数年甚至于数十年，乙肝病毒DNA(脱氧核糖核酸)早已发生多处基因整合，病毒不仅根深蒂固，而且非常顽固，潜藏得很深、整合得很牢固。此时治疗即使血清中乙肝病毒多项指标(如“两对半”等)下降或消失，化验结果喜人，但是过不了多久，细胞内整合的病毒基因又可在停药后复制、表达，造成反跳、复发，这是我国乙肝难治的又一重要原因。
(7)基因变异：乙肝病毒很狡猾，当受到打击后，会发生各种变异，也就是说会把自己乔装打扮起来，变个样，让你造成错觉，基因变异是一切生物体适应环境、改造自己必备的本领。传统认为乙肝“大三阳”转换为“小三阳”是病毒复制减弱、传染性降低、病情好转的标志，最新研究表明虽然变为乙肝“小三阳”，只要HBVDNA(乙肝病毒脱氧核糖核酸)为阳性，说明乙肝病情并未好转，这类患者95％以上存在前C区基因突变，这种基因突变感染特点为：
①虽为乙肝“小三阳”，但病毒仍活跃复制、仍有传染性；
②病毒不易被清除，易致慢性化，易致肝炎重症化演变：
③这种基因变异对干扰素和多种抗病毒药物治疗不敏感，表现为复发率高，远期疗效不佳。目前最新研究显示，许多乙肝患者经治疗，乙肝病毒e抗原和表面抗原都已转阴，只有核心抗体为阳性，这在以前绝对会被认定为最理想的效果，但是这种情况同样有可能也是病毒变异的产物，乙肝病毒表面抗原阴性的乙肝，约占我国总人口的3％，乙肝患者随着年龄的增长，乙肝病毒发生变异的概率越来越大，老年人免疫力低下，乙肝病毒标记物不易产生，乙肝病毒更易发生变异。变异株的出现，会使乙肝病毒表面抗原检出率减低。所以乙肝患者万不可被几项病毒指标的转阴所迷惑，不论检查血液中的病毒指标怎样变化，都不能放松警惕，因为肝脏内部的情况更加复杂，而一般患者又不可能经常去做肝穿检查，所以平常时候定期到医院复查和随访十分关键。
(8)有研究应用遗传度计算表明，乙肝病毒携带与遗传有关，特别是乙肝病毒在孪生子家庭中分布也有聚集趋向，孪生子双感染家庭成员中乙肝病毒表面抗原阳性率远远高于单感染和非感染者，且双亲对子女乙肝病毒感染的影响以母亲乙肝病毒阳性更重要。国内报道对23个乙肝病毒表面抗原慢性携带家系375人进行遗传流行病学研究结果显示：有血缘关系亲属乙肝病毒表面抗原携带率明显高于无血缘关系者(P＜0.01)；且一、二、三级亲属间随血缘关系疏远携带率递减(P＜0.01)，经叉生分析和Logistic回归多因素分析，也证明血缘关系在乙肝病毒表面抗原携带上起着重要作用，一、二、三级亲属加权平均遗传度为88.8％，经过遗传方式分析，证实乙肝病毒传播符合多基因遗传特点。
以上8种原因就是乙肝难以根除的主要原因，乙肝病毒可能携带终身，并不意味着乙肝不可战胜，目前战胜乙肝的最佳策略并非一味要求彻底清除乙肝病毒，而在于最大限度地防、治乙肝病毒的复制，减少或减轻肝组织的炎症改变，阻断肝硬化发展过程。治疗得当，预防有节，检测及时，乙肝的病情可以得到很好的控制。
