1920年4月21日，生于马来亚挂捞吡腊（祖籍福建省莆田县）。

1931—1934年，就读于广州市立师范学校附中。

1934—1937年，就读于广州市立第一中学。

1939—1942年，在交通大学唐山工学院（贵州平越，今西南交通大学）土木系学习。

1942—1943年，任交通大学土木系助教。

1943—1945年，任贵州修文资源委员会修文水电工程处工务员。

1945—1946年，任重庆及南京交通部路政司技士。

1946—1951年，在美国爱荷华州立大学学习，获硕士和博士学位。

1949—1952年，任美国爱荷华州立大学水利研究所副研究员。

1952—1955年，任美国科罗拉多州立大学研究生部助理教授。

1956—1958年，任中国科学院水工研究室研究员、水力学组副组长。

1958—1980年，任水利水电科学研究院水工所副筹建人、副所长、所长。

1978年，兼任清华大学水利系教授。

1980—1981年，任美国科罗拉多

泥沙研究

林秉南在中国以外求学时就开始研究有关泥沙方面的问题，1949年他的博士论文选定为“泥沙群体沉降速度的研究”。采用水分法制作泥沙颗粒小于0.1mm的均匀样本，研究泥沙浓度对泥沙沉速的影响，证实了浓度效应的存在。他认识到泥沙颗粒雷诺数是研究浓度效应的另一重要参数，以奥辛方程为基础扩展了原来的近似分析。他还进行了大量的水槽输沙试验，积累的一些数据、资料曾广泛为人引用。

20世纪70年代，林秉南和浙江河口海岸研究所合作，对大面积河口二维潮流中小浓度悬移质输沙的问题作了数值模拟计算。以后他又和沈学汶合作，应用特征理论分析了二维挟沙水流求解的适定条件。进入21世纪后，中国对长江、黄河作了多个动床变态模型试验，林秉南提出了悬移质变态动床模型试验中掺混相似条件的剖析。说明了在泥沙变态模型方面只有一个相似准则是成立的，从而澄清了多年来存在着两个不相容的相似准则问题。

21世纪后，他又指导研究生试验在流动中

1984—2004年，兼任国际泥沙研究与培训中心顾问委员会主席、名誉主席。

1985—1993年，任水利电力部长江三峡工程泥沙与航运专题论证泥沙专家组组长。

1989—1993年，任联合国发展署亚洲地区泥沙冲淤培训项目经理。

1991—1996年，任国际水力学研究协会（IAHR）亚太地区分会主席。

1993—2004年，历任水利部三峡坝区试验专家组、三峡工程开发总公司泥沙专家组、国务院三峡建设委员会办公室三峡工程泥沙课题专家组组长。

1997年，当选为国际水利工程研究协会（IAHR）荣誉会员。

2004—，任国务院三峡建设委员会办公室三峡工程泥沙课题专家组顾问。

他为人谦虚谨慎，提倡搞科学实事求是，不掺半点虚假。在研究上崇尚实际，勇于创新，广征博引，而又不失独到的见解。林秉南善于与他人合作，尊重事实，尊重他人。（中国水利水电科学研究院评）

弃文从理，转攻水利，学成归国，花甲入党，一次次的抉择都源于林秉南对祖国的满腔热忱。他为中国水利事业的建立与发展作出了巨大贡献，得到了海内外同行学者的尊敬。他那追求科学真理、无私奉献的精神，是我国水利科学技术工作者的典范和楷模。（新华网评）

林秉南院士一生热爱社会主义祖国、热爱中国共产党、热爱水利事业。他目标坚定、锲而不舍、品德高尚、虚怀若谷；他治学严谨、躬行实践、为人正派、平易近人；他把毕生精力献给了祖国的水利建设事业。（腾讯新闻评）