毛人凤早年毕业于沪江大学，后考入黄埔军校第四期，不久因病休学。

1935年，参加国民党复兴社，并任武昌行营办公厅第三科第一股股长。

1938年，任国民党军事委员会调查统计局主任秘书。

1946年，接任国民政府军事委员会调查统计局（1947年改制为国防部保密局）局长，主要负责打击中国共产党的间谍组织。

1949年，中华民国国民政府撤守到台湾前，与杨进兴、周养浩等人集中处决了一批中国共产党党员，其中包含杨虎城家眷及其未成年子女。

1949年，中华民国国民政府移至台湾省台北市，中华民国大总统蒋介石续聘毛人凤为保密局局长，毛人凤是中华民国国民政府以肃清匪谍为目标而了白色恐怖行动，因此视为该政治活动的实际执行者之一。

1952年，接连发生毛邦初案与杜长城案，蒋经国对毛人凤恨之入骨，杜长城与胡凌影等人被枪决。蒋经国开始进行情报改组，建立现代谍报体制。

1955年，保密局改组为不再肃谍与保安的情报局，隶属中华民国国防部

毛人凤给人的印象非常忠厚老成，而且逢人带笑，是个有名的笑面虎。——沈醉评

毛人凤是菩萨心肠，不是大丈夫，不能成大器。——戴笠评

毛人凤是极度迷信的，对算命、看相、风水一类的术数学特别相信。认为自己一生的好运是和命相分不开的，保密局局长办公室的主任潘其武，对命相学极有研究，无论在何处发现了有名气的命相家，潘其武总是带去见毛人凤，毛人凤对方士的话，可以说是言听计从。毛人凤的五行中缺火，为补此火，特化名以炎，而且多年来一直延用此名，特别是戴笠的化名被改而死，毛人凤对这化名更是处处使用。

戴笠死后其遗物很多，如汽车、房屋等，毛人凤一概不用，认为用戴的遗物晦气。使戴笠的汽车由郑介民、唐纵和他分用，将此车给了副主任秘书张严佛。抗战胜利后，戴笠在南京、上海等地接收了许多高级住房，这些房屋豪华舒适，而毛人凤宁可住处简陋，宁可自己费力找房，也决不要戴笠的住房和办公处。军统新建大厦中最好的办公室，是戴笠生前设计的，毛人凤也不去用，而是要潘其武找一位懂奇门遁甲的人，推算了一间方位好的房间，虽然房间简陋，但他还是高兴的使用。

在毛人凤从副局长升

毛人凤妻子是向影心，两人育有子女毛祖贻，毛书渭，毛渝南，毛书南，毛佛南，毛维摩，毛小兰，毛瑞兰。

毛人凤族侄为毛森，胞弟为毛万里。曾侄辈有毛建光，毛汉光，毛瑞，毛葛苓，毛河光，毛重光，毛宇光，毛小苓。

毛人凤故居位于浙江省衢州市江山市贺村镇水晶山底村，据建筑风格和村民介绍是中华民国时期建筑，为坐南朝北的四合院式布局。砖木结构，前后两进三开间，一天井，左右设厢房，半封闭式阁楼。大门所在墙体上有装饰性圆形砖柱。前进穿斗式用五柱，后进六架梁，天井用石灰石砌成，厢房敞开式，保存完整。

毛人凤墓地位于台湾省新北市汐止区昊天岭，其墓园约百坪。墓旁有陆军上将毛君人凤墓表，墓志铭则为忠勤永念。该墓表与墓志铭皆为时任监察院院长于右任作品。后墓地迁离原址。