1922年夏，由北京大学选派赴德国柏林大学留学，专攻历史方法论、匈奴史、蒙古史及中西交通史。1929年，任波恩大学东方研究所讲师。1931年，任柏林大学汉学研究所讲师。1934年夏回国，受聘为北京大学历史系教授，主讲历史方法论、匈奴史、辽金元史及蒙古史择题研究等课程。1936年，兼历史系主任。1937年抗日战争爆发后，任西南联合大学历史系教授。1946年9月，任河南大学校长。1949年初去台湾，受聘为台湾大学历史系教授，并创办辽金元研究室。1958年4月，当选为台湾“中央研究院”人文组院士。1970年4月15日病逝。遗著由门人札奇斯钦、李守孔、陈捷先等辑为《姚从吾先生全集》（共十册），由台北正中书局陆续出版。《全集》之外，姚氏尚与札奇斯钦合撰《汉字蒙音蒙古秘史新译并注释》，刊载于《台湾大学文史哲学报》第九至十一期。

姚从吾是中国现代辽宋金元史学的奠基人之一。他吸收西方史学思想和方法，学贯中西，促进了传统史学向现代史学的转变。他重视史料的整理，完成《蒙古秘史》第一部全译本。他提出着眼于民族融合的“国史扩大绵延观”，认为在各民族文化不断融合的基础上，中华民族的历史才得以广大绵延，形成一个屹立于世界东方的文明古国；而辽金元时期则是一个重要的融合时期，在国史中具有重要地位。姚氏就是以这样的观点，深入研究辽金元史，建立起辽金元史体系。他进而倡导宋史与北亚、中亚史的研究，写成《余玠评传》等一系列论文及所辑《蒙古与南宋争夺巴蜀始末》的专题资料，开宋蒙关系研究之先。1958年，他又倡导组成台湾“宋史研究会”（后改名为“宋史座谈会”）。姚从吾本通蒙文，晚年又学习满文，并倡导组成“边疆语文研究会”，积极推动北亚及中亚史研究。他在北京大学、西南联合大学、河南大学、台湾大学执教三十六年，桃李满天下。

姚从吾先生在河南大学抗战胜利后回开封复员办学不久接任校长职务。当时河大校园被日寇破坏后，急需整理补充，虽有田培林校长复校之基础，但在各方面，仍需新任校长规划充实。姚从吾校长继承前几任校长艰苦奋斗的办学思想，竭心尽力，扩大学校规模，使河南大学面貌有了一个很大的改观。当时在开封河南大学的校园分为三处：第一，校本部，即铁塔公园南部，面积广阔，花木繁盛，楼舍壮丽，为开封风景区之一，文、理、法、医四学院及附设医院、图书馆在此；第二，南关分校，南关分校又分两处，一在今开封城南著名古迹繁塔附近，旧为省立农业专门学校，后改为河大农学院，二在干河沿（繁塔后二里许），工学院全部和农学院的一部设在这里；第三，河大医学院附设医院，为接收鼓楼大街医学专科学校原址，设立产科医院、高级护士学校、助产学校及第二门诊部。姚从吾校长非常注重图书馆的建设和管理，将图书馆从教务处中独立出来，成立图书委员会，聘教授兼任图书馆长，主持

姚从吾校长亲自授课，给文史系历史组讲授《历史方法论》。他虽然工作繁忙，但很少缺课。姚从吾校长虚心访贤，遍求名师，广揽人才，为这所历史悠久的高等学府增添了光彩。他要求教师们要保持“严格考试，教学认真”的优良传统，学生要清洁自持，培养良好的读书风气。在他的指导下，各个院系亦聘请学识卓越、教学认真的教授任教，教坛出现了勃勃生机。姚从吾校长重视科学研究，提倡科研与生产实际相结合，创造一切条件，提高人才培养质量。河南大学旧日的出版物有《学术丛刊》，每学期一册，复员办学后每学期两期。后又支持各学院办刊，如《自然科学》、《社会科学》、《农学与医学》、《文史与考古》等，为教师们提供发表论著的园地。他鼓励教师紧密结合开封实际搞科研工作，让文史考古学者着手调查北宋现存史迹，如“相国寺”、“繁塔”、“北宋开封府遗址”、“宋太祖画像”等。他还鼓励与校外科研院所合作，进行研究。曾与中央研究院历史语言研究所合作，选拔高

1948年6月，解放开封的战役一开始，南京政府教育部命令河南大学迁往苏州。姚从吾校长带病在苏州作了大量的河大复校工作，接洽地方，寻看校址，召集行政有关人员，安抚流亡，接待教授及眷属，分配地点，购置急用物品，准备复校。经过努力，各个学院安置妥当：校本部在怡园，理学院在顾家祠堂，文学院在沧浪亭，法学院在金城银行仓库，工学院在丁家祠堂，农学院在狮子林后院，医学院在中正路饮马桥，图书馆在湖南会馆。1948年10月10日在怡园校本部举行正式开学典礼，各学院陆续上课。但当时图书、仪器、研究试验设备，均留在开封，师生情绪未免低落。学校为安定人心，提高情绪，增强师生读书研究兴趣，特请著名学者专家多人来校讲学。如请史学家钱穆先生、中央图书馆馆长蒋复综先生、教育家汪懋祖先生、哲学家冯友兰先生、生物学家秉农山先生、豫籍元老张伯英先生等，激发了大家的兴趣和爱国思想。特别值得一提的是，当时不少开封中学及大专学校学生，

姚从吾先生是研究边疆史的专家，亦是宋、辽、金、元史的权威。在台湾，积极提倡中国史学会，并发起边疆语文学会。姚从吾先生治史与教学态度均十分认真严谨，谦虚好学，对每一史实，每一年代，每一字句都考究清楚。他常说：“把每一篇论文写好，应该把它搁过一段时间，再拿来详细校对，然后才可以拿出来发表。”“学生的学问最后应该超过老师才对，不然国家的学术怎能一代比一代进步呢？”姚从吾先生发表专题论文计在百篇以上，数百万言。

专著六种：《东北史论丛》、《耶律楚才西游录校注》、《张德辉岭北纪行校注》、《汉字蒙音蒙古秘史新译校注》、《邱处机年谱》、《余玠评传》。