太平军转战安徽，吴廷香创办团练，对抗太平军。咸丰四年（1854年），战死庐江，清廷谕旨赐恤，赏云骑尉世职。五年，吴长庆袭职，安徽巡抚福济委其统领舒城、庐江团练。吴长庆痛父殉难，誓与太平军为敌，不共戴天。

八月，会合诸军攻克太平军要地桃溪镇，击退上派太平军援军，毁太平军30余垒，升守备。十一月，安徽巡抚翁同书令其创办合肥东乡团练，以保合肥。翁同书因其护城效力，赏戴蓝翎。大败太平军英王陈玉成于华子岗，功加都司衔，赏换花翎。

咸丰十一年，奉两江总督曾国藩令，收复庐江，攻占三河。曾国藩即令其以所部500人，创立淮军庆字营。并亲手书写“忠孝坚定，不可挠折”八个大字，赞其“忠孝”，以励庆军将士。不久江苏郡县被太平军攻占。曾国藩令其随福建延建邵道李鸿章赴援上海。吴长庆首战虹桥取胜，次克柘林、奉贤、南汇、川沙、金山，击退宝山太平军强悍援军。战后叙功，以游击留江苏补用。

同治元年（1862年），江苏巡抚李鸿章令其回

太平军基本平定后，捻军复起。吴长庆率马步队11营随李鸿章前往镇压，进剿于河南内黄、滑县、浚县、山东临邑、德州、直隶宁津间。同治五年四月二十八日，捻军张宗禹部转战至宿迁埠子镇一带，吴长庆与总兵王占魁、况文榜各率所部，夜袭捻军营垒，斩获捻军70余名。五月一日黎明，复由旧河堤内外分路夹击，毙捻军甚众。同治六年四月十一日，东捻军转战至应山县境，伏击清总兵杨鼎勋部，吴长庆率队往援，殊死战斗，将东捻军击退。同治七年五月四日，西捻军突破李鸿章运河、减河之守，转战阳信、海丰等地，向南转移。吴长庆飞赴吴桥拦截，狂杀捻众，致使西捻军遭受巨大损失。东、西捻军殄除净尽后，清廷赏吴长庆穿黄马褂，换瑚敦巴图鲁名号，并正一品封典。时曾国藩再督两江，以宿迁、徐海地处冲要，民俗强悍，常有发难，需良将镇守，乃疏准吴长庆率所部防守徐州。

同治八年，潘鼎新军因争粮饷发生哗变。水陆两路数千人，蔽河而南。曾国藩令吴长庆前往查办。哗变士卒

同治十三年，日本在台湾寻端肇衅，清廷令其添募庆字4营，筑江阴、江宁炮台，加强长江防务。时六合乡民，因漕粮负担沉重，聚众哗诉，沈葆桢令吴长庆速往处理。他只身乘单骑，一夕至城下，将主谋诱至，许其不死，然后好言说服，立散其众。吴长庆以为，“江宁漕粮之重，同于苏、松二府，而六合与贼（太平军）相抗最久，被害亦最酷，今二府减漕粮五十四万，而江宁如故，富者且为能纳，则贫者流亡日多……宜奏请减之。”沈葆桢深感言之有理，因有请减江宁五属漕粮之奏。

光绪元年（1875年），叙功授直隶正定镇总兵，沈葆桢疏请留防江南，从缓赴任，清廷如所请行。光绪二年，宁国府（今宣城地区）天主教徒白会清、黄之绅、杨琴锡等，以教会之名，陵暴乡里，诱匿少妇，恣其淫虐，激起民众愤慨。乡民万人，奋呼云集，用木棍将黄之绅、杨琴锡打死，放火烧毁教堂，白会清仅以身免。他挑动西洋教士构讼，为黄、杨二人报仇雪恨，衙门到处抓人，民众疑惧不安，沈葆桢又遣吴

光绪八年，朝鲜禁军叛乱，进犯王宫，杀戮大臣，王妃失踪，并火烧日本使馆，杀害使馆人员，日发兵干预。中国驻日使节黎庶昌电告北洋大臣张树声，遣兵轮3艘前往按治。但所派兵轮驶抵仁川停在日轮后部，士气沮丧不能济事。清廷闻奏，即令吴长庆率兵轮前往。七月，军抵南阳府。日使挟兵前来谈判，因条件苛求，谈判不成，愤愤而去。吴长庆当机立断，先占王宫，日使悔，乃就盟。庆军入王宫时，其为首分子朝鲜王父大院君李昰应正在造兵聚党，扩大事态。吴长庆将其诱至，笔谈及暮，力劝不听，即挥队将其拥赴南海口，安置在登瀛洲船上，送往天津。第二天击散乱党，迎复王妃，将事态平息。清廷以吴长庆功最，赏三等轻车都尉，留镇汉城。吴长庆驻朝2年，组织朝鲜人民修道路，筑桥梁，救灾恤丧，示以恩信。回国时，朝鲜人民作歌相送。

光绪十年四月，吴长庆奉命移防金州，闰五月病逝。大学士直隶总督李鸿章疏请优恤，付史馆立传，准于立功地方，建专祠，谥武壮，以其次子吴保