李福林出身贫农家庭，幼在乡念私塾一年。初随父耕种，后不务正业，与乡人结成匪帮，被举为“大佬”，从事绿林生涯。带众徒夜渡广州行劫，县署缉拿不获，拆平其住宅，捉拿赏银从500元增至3000元。在乡无法立足，遂走避南洋。

1907年，李由革命党人马侣引领在新加坡认识孙中山，并加入同盟会。次年转云南河口，参加黄明堂的起义。失败后，持孙中山介绍信，以革命党人身份，重返广州河南，联络各地绿林，准备配合起义。1910年和1911年的两次起义，均因失去接应没有成功。

1911年11月，他奉朱执信指令，以“福字”营统领，率民军3000，赴广州维持社会秩序，任广东都督府警卫营长，从此步入军界。此后他以河南为老巢，购置土地千余亩，建立厚德围（农场），雇工经营。还自设制枪所，装备部队。善于保存实力，故能盘踞河南达16年之久。

1912年，陈炯明独揽广东军政大权时，他投靠陈，配合镇压地方武装。是年3月13日，与饶章甫等人，担任战事善后工作，在河南安置战败的惠、协、仁字军的士兵。

1913年7月18日，广东宣布独立，参与讨袁，李不表态。袁世凯派龙济光抵粤后，又向龙投靠，被委为“南番两县清乡会办”。袁世凯称帝后，授予陆军中将，给勋五位及文虎章。居港之革命党人，咸斥其叛党求荣。

1916年，陆荣廷东下讨龙，掌握广东军政大权后，他又投靠桂系，被封为“广惠镇守使”。

1917年9月10日，孙中山在广州河南就任中华民国军政府陆海军大元帅，任命李福林为大元帅府亲军总司令，担任警卫工作。并经择定珠江河南岸的广东士敏土厂地址为大元帅府办公地点。选择此地为帅府办公地，主要是借助于福军司令李福林的武装巩卫，可见中山先生对他的信任。

中山先生南下护法，虽有海军方面之支持，然本身并无基本武装力量。此时广州实际上已完全落入桂军势力范围。广东部队只有魏邦平、李福林、黄明堂等部对中山先生尚称拥护。

1920年，孙中山令陈炯明回师讨伐桂系。莫荣新、岑春煊等在广州闻桂军在前线被击溃，潮梅全区及东江上游已为援闽粤军所占领，震惊之余，亟派其素称知兵之大将林虎、李根源率重兵向东江增援。回师粤军受阻，正焦急之际，魏邦平、李福林两部在广州省河（珠江）宣布独立，初以兵谏为名，劝莫退出。莫一面向广西调兵增援，一面命省长杨永泰佯许魏、李二人以特殊权位，共阻粤军。但魏、李不为利用，乘桂军增援未至，即集

1927年12月11日，中共广东省委领导革命群众举行起义，宣布广州苏维埃政府成立。13日，李福林与张发奎、黄琪翔合谋，急速把驻佛山、江门、韶关等地部队调回广州。在英、美、法、日等国的军舰配合下，从河南分兵数路，向广州革命武装进行大举反扑，将新生的广州公社扼杀。李因与张、黄合作，故受蒋介石指责排挤，被迫通电辞去第五军军长职务，走避香港。

李福林在九龙大埔购地1000余亩，建立康乐农场，又在皇后大道开设厚金银号，以作日后复出资本。他曾赴南京谒蒋，欲组军队，遭蒋拒绝。蒋只给他一高级顾问头衔。

1937年，抗日战争爆发后，日军曾派人拉拢他，拟委任为“华南军总司令”（伪），但他没有接受。

1941年，日军侵占香港，李赴重庆，蒋介石仅给他“中央军事委员会顾问”的空衔。1944年，蒋又封他为“军事委员会驻粤军事特派员”头衔。他返粤后，即召集各地绿林头目，准备在日本失败后回广州接收。蒋介石另派张发奎执行，此愿望落空。

日军投降后，大汉奸李辅群被捕。李福林接受了巨贿，证明李辅群是做“曲线救国”工作的，要求对其无罪释放。

1949年，广州解放前夕，蒋还派人要他出任要职，以维持残局，但李拒绝了。9月，李全家迁往香港。1952年，李福林以高血压病卒于香港，终年79岁。