清朝光绪十二年（1886年）四月九日，出生于河南省开封市，秉志的祖父和父亲均以教书为生。他自幼随父读四书五经、文史诗词。父亲对他在思想品德方面要求严格。少时父亲的教导对他一生的为人处世影响很深。1900年丧父。

清朝光绪二十八年（1902年），考入河南大学堂（后改称河南高等学堂），学习英文、经学、数学、历史、地理等，同时仍努力攻读古文。

清朝光绪二十九年（1903年），考中举人，入学前已是秀才。

清朝光绪三十年（1904年），由河南省政府选送入京师大学堂。

清朝光绪三十四年（1908年），京师大学堂（现北京大学）预科毕业。

清朝宣统元年（1909年），考取第一届官费留学生，赴美国留学。他进入康乃尔大学农学院，在著名昆虫学家J.G.倪达姆(Needham)指导下学习和研究昆虫学。

民国二年（1913年），获美国康乃尔大学学士学位。

民国三年（1914年），秉志在美国与留美同学共同发起组织中国科学社，这是中国

昆虫学研究方面

1913—1918年，秉志在美国康乃尔大学攻读博士学位时，从事昆虫学研究，发表论文3篇，他在1915年所发表的第一篇论文《加拿大金杆草上虫瘿内的几种昆虫》，是中国人在国外发表的最早的昆虫学论文。他的博士学位论文《咸水蝇EphydraSubopacaLoew的生物学》作为专著发表于康乃尔大学农业实验站专刊。该论文十分详细全面地研究了幼虫栖息于咸水中的一种蝇类的形态学、生态学，以及生长、变态、越冬等规律，特别观察和分析了各虫态的习性、适应性、体色和形态结构对其生存的重要保护性。该文是水生昆虫学的一项出色的研究成果。

神经细胞的生长研究方面

1918-1920年，秉志在美国韦斯特研究所从事脊椎动物神经学研究时，对白鼠及野生黑鼠上颈交感神经节大型神经细胞的生长进行了详细研究，主要包括大型神经细胞的来源、生长方式、生长过程、形态变化等等，特别着重于大型神经细胞生长与年龄(性成熟)和性别的关系

秉志曾是中国科联常委、中国科协委员、多种全国性学会的理事和委员，中国动物学会第一届理事长。

1934年，发起成立中国动物学会，任会长，创办《中国动物学杂志》，任总编辑。

1949至1965年，秉志曾任全国政协第一次会议特邀代表、华东军政委员会文教委员、河南省人民政府委员和人民代表大会代表、第一、二、三届全国人民代表大会代表。

1950-1955年，任中国科学院水生生物研究所研究员。

1955－1965年任中国科学院动物研究所研究员。

中国动物学会理事长、国家自然科学基金委员会主任陈宜瑜院士：秉志先生在中国早期动物学研究中所起到的作用非常重要，是名副其实的奠基人，秉志先生一生不仅功业至伟，且道德纯粹、忠信笃敬，令人极为钦佩。秉志先生一生淡泊名利，潜心从事科学研究。

人民政协网：秉志是中国老一辈科学家的优秀代表，他把自己的一生全部奉献给了祖国的科学事业，他的业绩将永远留存在中国科技发展史上。

中国科学院水生生物研究所桂建芳所长：秉志先生与水生所的建立和发展，以及与中国水生生物学研究，特别是鱼类生物学研究有着深厚的渊源关系，秉老在水生所工作的日子以及他老人家在鱼类生物学研究方面的丰功伟绩，先生的治学和先生的为人将永远是我辈之榜样，学人之典范。

中国科学院动物研究所党委书记李志毅：秉志先生以高度的责任感和艰苦奋斗的精神，开创和发展中国生物科学的研究，是我们学习的榜样！

2014年6月18日，首届秉志奖学金颁奖仪式在中国科学院动物研究所举行，秉志奖学金是为了纪念秉志先生对中国动物学的开拓和发展所做出的历史性贡献，鼓励和推动中国动物学领域创新性人才的培养与队伍建设，由秉志先生的后辈主动发起，特在动物研究所设立的奖学金。

2008年10月9日，为加强研究所学术交流和学科交叉并纪念中国现代生物学研究奠基人秉志先生，中科院动物研究所举办了首次“秉志论坛”既动物科学前沿系列学术报告会。

2006年10月18日上午，“秉志先生诞辰一百二十周年纪念会”在北京中国科学院动物研究所新址隆重举行。纪念大会最后为秉志先生铜像揭幕。