杭辛斋出身贫寒，少年时曾当过学徒，后发愤读书，肄业于杭州“正蒙义塾”（一说“正学义塾”）。1891年，杭辛斋以童子试第一赴北京国子监读书，继又肄业于当时清廷“总理衙门”所设的同文馆。中日甲午战争之后，他曾上书清帝光绪，条陈变法图强之策，指出清政府“政以贿成、日即腐败”的病根所在。杭的主张，得到了光绪帝的赏识，先后两次被密旨召见，并授为内阁中书，面谕京机章京行走。然而，光绪的器重，并非杭辛斋的意愿，他不想做官，也不愿做官。他唯一的抱负，是为这个日益衰落的国家，做一点实实在在的事情。光绪见他无意为官，心中更为尊崇，转赠“言满天下”象牙章一枚。

1895年，天津《直报》因刊登袁世凯所属部队叛变的消息被查封，此后易名为《北洋商报》，翌年聘请杭辛斋出任主笔。

1897年10月，杭辛斋与严复、王修植、夏曾佑等在天津创办《国闻报》，并一度担任主笔，同时还出刊有《国闻汇报》。

翌年，戊戌变法失败，在全国舆论万马齐

杭辛斋曾组织《周易》学术研究会，名研几学社，在学社曾担任《周易》主讲，撰写《周易》讲义，《易楔》六卷。另外还撰写了《学易笔谈初集》、《学易笔谈二集》《易数偶得》《读易杂识》、《愚一录易说订》、《沈氏改正揲蓍法》。这些著作合称《杭氏易学七种》，由研几学社于民国八年印行。

编著有《易学丛书》以及《白话痛史》、《猪仔记》等。

另有天津古籍出版社影印研几学社本

《学易笔谈》《读易杂识》杭辛斋撰，辽宁教育出版社收入《新世纪万有文库》。

1912年杭辛斋被袁世凯逮捕，在狱中，他遇到了一段酷肖大仲马笔下《基督山恩仇记》的经历。

原来，在缧绁中，与他同监的是一位须眉皓白的长者，这位老人一见杭辛斋，惊诧道：“昨夜愚易卜，知有妙人当来，原来是君。君有夙慧，吾道有传人矣。”不曾想，这位长者却是一位精通《易经》的高人，后来他在狱中传授“易学”于杭辛斋，杭辛斋也精研不懈。及至袁世凯病死，杭辛斋出狱，他又遍搜天下的“易学”著作，未几竟多达400余种，随后他南返上海，从事“易学”的研究的写作。杭辛斋后来就以著名的“易学”学者而知名天下，当时他还与山西王用宾（曾任国民政府的司法部长）等发起组织有“研几学社”，其实就是“易学”的一个学术团体，杭辛斋任该社的主讲，后来他著有《一苇草堂笔记》、《易学丛书》（合20卷）等。（近年辽宁教育出版社等又重印了一些他的“易学”著作，可惜他早年的报章文字却无人收集和整理了。）

1966年冬天，因为原先葬在海宁中学附近的杭辛斋及夫人的墓被人破坏，里面的遗骨也被随意弃置，长安镇肖王村村民谢某冒着风险，偷偷去捡了杭辛斋和夫人张氏的遗骨，与其父母一起葬在肖王村栗树下68号西侧。直到1995年，谢某之子谢少华遵照母亲的嘱咐，让人浇筑了一块杭辛斋与夫人张氏的墓碑。

2010年4月4日清明节，长安镇肖王村村委会通知谢少华把其祖父母位于栗树下的坟墓迁往公墓，栗树下将进行土地平整。

2012年04月11日上午，长安镇文化站分别跟谢少华及肖王村村委会进行联系，在文化站协调下，杭辛斋及夫人的坟墓和谢少华祖父母的坟墓将暂时原址不动，并做相关保护。

另一方面，文化站也在积极跟上级部门反映此事，并尝试建议将杭辛斋墓保护起来，有计划迁址到合适的地方。

文化站站长褚自法表示，目前长安镇正在申请浙江省历史文化名镇。此次发现杭辛斋及夫人遗骨被保存，可以说是一件推进长安镇历史文化建设的好事，所以文化站呼吁有关