1892年出生于湖北新洲仓埠街周铺镇。

自幼勤奋好学，1910年至1912年，就读于武昌陆军小学。

1913年入保定陆军军官学校，1916年毕业，先后在湖北第二旅、广西护国军、四川和云南靖国军任排长、连长、上尉参谋、少校参谋。

1922年任广东西江讲武堂上校教育长，拥护孙中山先生的“三大政策”。

1923年春，改任黄埔军校教官。

1925年春起任广州大元帅府参军处参军，建国粤军第一军总部副官长。

1925年任黄埔军官学校第三、四期上校步兵科长及训练处副处长。

1926年任黄埔军校第四期编译处高级编译官。参加北伐战争，任国民革命军总司一部编审委员会副主任、军务局副局长。

1926年，北伐战争时期，任湖南、湖北国民政府代表，策动吴佩孚驻鄂军第一师第二旅旅长刘佐龙反正，加入国民革命军。

1927年，任南京国民政府军事委员会军政厅办公厅主任。后任湖北省会公安局长。

1927年，任湖北省警视厅厅长及武汉公安局局长。

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兵学论丛，怎样发展中国兵学，国防原则之战争指导。

中央陆军军官学校

1930年5月军校开始招收第八期。自该期始，黄埔该校全部移至南京。组织上与已毕业各期不同的是，在入伍生团各连设尉官班长。学制上鉴于现代军事技术的进步，定为3年.第一年为入伍教育，第二、第三年为学生教育，学习各兵科初级将校之必要学术和指挥能力。自1931年起采用德式教育。

1932年3月武汉分校第八期学生总队并入该校，编为第二总队，南京在校第八期编为第一总队。第一总队于1933年5月20日毕业，计305人；第二总队于是年11月25日毕业，计1240人，第八期合计毕业1545人。

1935年8月为研究最高兵学及国防计划以深造国防人才及兵学教官．在陆军大学内开办兵学研究院。研究院设主任1人，林薰南与张亮清先后任主任；教员若干人.研究员分为专任、兼任两类，无论哪一类，须是国内外陆军大学毕业并服役2年以上，学验优越，成绩卓著，年龄在30一45岁者。研究课目分主要课目、一般必修课目及自由选择

黄埔军校同学会副会长林上元是林薰南的长子。