早年就学于东吴大学国文系，在校期间酷爱读书经常流连书肆中，对版本学有浓厚的兴趣，毕业后经先辈徐蓉初、费景韩指点，遂精版本目录之学。又曾馆于著名藏书家徐乃昌的积学斋，遍览其藏书，又因此得与海内藏书家、古书商往还。

1916年任上海进步书店编辑。20年代起，在古书流通处（该书店创设于1918年，九年后歇业，其存书全部卖给中国书店）佐理店主陈琰（立炎）购销古旧书籍，编印大部头丛书如《知不足斋丛书》、章太炎的《章氏丛书》、《百一庐金石丛书》等。20年代中期，与金诵清在上海合办中国书店，经营古旧书业，编印《清代学术丛书》、《经典集林》、《周秦诸子斠注十种》、《重订曲苑》等稀见古书。1926年任大东书局编辑、发行所长，兼任持志学院、国民大学教授。30年代，任开明书店编辑，辑印《清名家词》、《元人小令集》等，参与编辑出版《二十五史》、《二十五史补编》等巨著。上海沦陷后，迫于生计，陈乃乾为友人经营书店业务，勤

校勘学是一门相对发达的传统学问，历代学者尤其是清儒运用校勘方法整理图书积累了丰富的经验。陈乃乾以精审的校勘成果和系统的归纳总结，极大的丰富了这门传统学问。他一生著述颇丰，涉及文史领域的多个学科，其中校勘出版的古籍占有相当的比重。他校勘的《三国志》，是《二十四史》中校勘工作颇具特点的一种史书。陈乃乾用百纳本、清武英殿本、金陵活字本、江南书局本等4种版本互相勘对，利用梁、卢两家成果，又取原书复勘，并加采翁同龢、杨通、吴承仕诸家之说，作了进一步整理和点校。是书的点校整理出版，为促进史学研究，繁荣祖国文化做出了贡献，在海内外学术界产生很大的反响。但由于陈乃乾并非三国史方面的专家，而又受限于时代条件，没办法见到当时港台方面的研究成果，特别是与卢弼同时的易培基的《三国志补注》，因而把一些在《四部丛刊》本中已经解决的一些文字问题疏忽过去，点校本前四史出齐之后，陈本是唯一一个没有做校勘记的标点本，后来学界资