1861年2月20日（清咸丰十一年正月十一日）生于一个贫寒的农民家庭，王占元排行第七，兄洪元。王占元父亲死得早，和母亲相依为命，由于时局艰难，家贫如洗，经常受人白眼，后来母亲饿死，自己流落邯郸当店员。因其在兄弟姐妹中最小行七故名，人称：王七。

王占元十八岁时，因生活所迫投入淮军刘铭传部当兵，掌管大旗。1885年8月，王占元被保送入北洋武备学堂第一期学习。1890年2月毕业，投入宋庆的毅军。1894年7月中日甲午战争爆发，王占元与张怀芝、曹锟等人参加了鸭绿江战役。

1895年（清光绪二十一年）12月，王占元随袁世凯在天津小站练兵，被委任为新建陆军工程营队官、第二营后队领官。1902年1月，袁世凯在保定编练北洋常备军，王占元任新建陆军左翼（翼长王士珍）步兵第七营管带。1903年6月任清北洋陆军第一镇（统制官铁良）第一协（统领曹锟）步兵第一标统带，官衔为尽先游击。1904年秋改任陆军第二镇第三协第五标统带。1905年9月任北洋陆军第二镇（统制官王应楷）步兵第三协统领。1906年，王占元由副将衔补用游击，准“以参将留直补用”。

1910年升为记名总兵，官位从二品，成为清军中高级将领之一。

1911年(宣统三年)4月7日，王占元被赏陆军协都统衔。10月10日武昌起义爆发，王占元率军随荫昌的第一军南下，17日开抵滠口附近与民军作战，23日王占元率第三协步兵进攻造纸厂，革命军迎击，清军推进至二道标布设施位，同时以步兵两标迂回至造纸厂附近，民军在刘家庙江岸车站一线挖战壕

1912年1月1日民国成立，2月5日段祺瑞、王占元、何丰林、李纯、鲍贵卿等九将领自信阳电奏，斥责王公，阻挠共和，败坏大局，即率全军将士入京，与之“剖陈利害”。2月12日清帝退位，3月15日袁世凯继任临时大总统，8月北洋第二镇改为中央陆军第二师，王占元任师长，驻保定，兼保定留守军司令。9月19日被北京政府授为陆军中将。

11月间，保定陆军军官学校的学生闹学潮，反对校长赵理泰，陆军部调集驻扎保定的北洋军第二师王占元部鲍贵卿混成旅包围了军校，强行解散学生，王占元以保定警备司令官名义指责军校学生闹风潮，扰乱地方，进行了弹压，后来由于国会议员的质问和各省军事代表的调停干预，陆军部才宣布再行开学。

1913年2月12日特授以勋三位。4月宋教仁案发，5月第二师移驻河南信阳，准备镇压国民党。7月16日王占元被任命为第一军（军长段芝贵）右司令。7月20日，北洋政府令王占元加陆军上将衔，带兵参与镇压“二次革命”，8月1日给予二等嘉禾章，25日攻占湖口，革命军败退，二次革命在北洋军队的镇压下失败。

1914年1月8日，白朗起义军在新安店与北洋军队激战，陆军总长兼湖北都督段祺瑞令王占元向固始进军，兼任“豫南剿匪总司令”，2月23日在信阳以东地区围歼白朗起义军，结果被围困于商城，幸驻麻城的第六旅张敬尧部援救才突围。4月24日北洋政府令王占元帮办湖北军务，7月18日加将军衔。12月1日袁世凯令王占元代理湖北军务。

1915年8月袁世凯开始阴谋称帝，王占元极拥护，列名劝进电。10月3日被袁世凯封为将军府“庄威将军”。12月21日被封为“一等侯”，22日署理湖北军务，25日云南护国军开始讨袁，王占元向袁世凯表示“忠诚”，但要主持湖北军务，因湖北是出兵西南的孔道，袁世凯不得已，只好答应。

1916年1月5日，王占元等北洋将领通电讨唐继尧，8日被袁世凯改封“襄武将军”督理湖北军务，并于汉口设军事运输局，以王占元为督办，免兼第二师师长。1916年1月10日，王占元、汤芗铭、靳云鹏等电请袁世凯早登大宝，他借湖北宜昌附近山洞发现龙骨化石之机编造离奇神话，向袁献媚说“天眷民佑，感应昭然”，15日袁世凯命妥为保护，并付史馆纪录，成为人们笑料。

1916年2月18日，王占元以血腥手段镇压了武昌南湖陆军第一师炮队的反袁士兵。1916年6月6日袁世凯在绝望中死去，1916年6月7日黎元洪继任大总统，1916年7月6日任命王占元为

1917年3月16日，王占元通电反对对德国宣战，当时北京“府院之争”激烈，王占元与段祺瑞意见相左。4月25日，段祺瑞在北京召开督军团会议，王占元参加会议，转而支持对德宣战。6月2日，王占元与吉林督军孟恩远等一起通电，要求解散国会以息政潮，向黎元洪施加压力。7月1日黎元洪因张勋复辟下台，8月1日冯国璋进京任代理大总统，王占元和李纯、陈光远一起作为冯国璋直系的势力，“长江三督”联合曹锟与皖系对抗。9月孙中山在广州发起“护法运动”，冯国璋依靠王占元等“长江三督”的势力高唱“和平统一”政策，反对段祺瑞的“武力统一”。

1917年10月20日，李纯、王占元、陈光远（长江三督）联名提出解决南北问题意见，要求内阁停止湖南战争、撤回傅良佐、改善内阁、整理倪嗣冲部。1917年11月14日，湖南前线北洋军两师长王汝贤、范国璋在冯国璋的授意下通电撤兵，1917年11月18日王占元连同李纯、陈光远、曹锟连衔通电主和（

1918年1月4日，李纯、王占元、陈光远通电主解散临时参议院。1月14日，王占元所部第十八师王懋赏、第三混成旅卢金山，配合吴光新部进攻荆州的自主军，靖国军石星川及团长容景芳、营长夏斗寅走湘西，27日湘桂联军以“护法”为名攻占岳州。1月30日冯国璋下达对西南的讨伐令，2月2日王占元将苏赣鄂联合条件密告徐树铮，声明决不阻北军通过汉口。2月11日冯国璋免去被联军击败的第二师师长王金镜职务，以王占元兼代北洋第二师师长。3月19日，曹锟、张作霖、王占元等十五省督军各派军阀电请北京政府再用段祺瑞组阁，23日冯国璋复任段祺瑞为国务总理。4月23日段祺瑞偕王占元赴汉阳，查看兵工厂，24日在汉口参加军事会议。8月20日，王占元与日本泰平公司订购军械合同，10月15日再与日本泰平公司订购军械合同，价值一百七十九万日元；11月15日在北京出席北洋各派军阀联席会议，讨论停战撤兵、应付外交、被兵各省善后、收束军队、整

1919年3月30日陕西战事停止，4月1日李纯、王占元、陈光远、吴佩孚联名电请重开南北和议。12月冯国璋病死，曹锟成为直系军阀新首领，王占元等附和曹锟、吴佩孚共同对抗皖系军阀。1920年1月1日，北京政府奖叙对决策参加一战“厥功甚伟”者，王占元被特授勋一位。1920年3月31日，鲁籍军人王占元、卢永祥、吴佩孚及镇守使师旅团长四十八人通电反对与日本直接交涉山东问题，主交国际联盟解决。1920年4月8日，王占元出席在保定召开的直奉两系联合会议，部署反皖系。5月31日吴佩孚从湖南撤兵北返到达汉口，王占元慷慨资助军械及军饷六十万元，6月5日吴佩孚离汉口继续北上。6月13日，北京大总统徐世昌在曹锟示意下任命王占元为两湖巡阅使兼湖北督军。7月12日，曹锟、张作霖、王占元、李纯、陈光远、赵倜等联合通电讨段，言辞谴责段祺瑞为“全国之公敌，惟有秣马厉兵，扫荡妖氛，以靖国难”。

1920年7月14日直皖战争爆发，

1921年1月3日，蓝天蔚、黎天才等因川军压迫，自夔巫退驻鄂西，与王占元军相战，到2月14日，蓝天蔚、黎天才、吴醒汉军均为王占元部孙传芳等所消灭。2月16日晋授“壮威上将军”名号。3月1日，湖北督军王占元召川滇黔桂湘赣等省代表会议，订立“联防条约”，时传为七省联盟，他在任时横征暴敛，克扣军饷，湖北连续发生兵变，湖北“倒王运动”迅猛高涨。4月23日应邀北上参加“四巨头会议”，25日国务总理靳云鹏在天津召开会议，曹锟、张作霖均在会，4月27日参与通电反对广州选举孙中山为非常大总统。5月4日会议结束，商改组内阁、分配地盘及财政等事，确定长江流域及川滇黔湘归王占元，王占元在会上吹嘘“湘川黔滇不日北附”。5月6日应徐世昌之邀，自天津至北京，10日徐世昌授王占元以勋一位，旋回鄂。6月1日，王占元派大批军警，镇压了武汉学联领袖恽代英、汪洋等领导的学生反帝爱国运动，制造了“六一”惨案。

王占元是个贪鄙之徒、专横武夫，他自称“白虎精投胎”，才干平庸，善于搜刮，手段有掉运铜元、垄断军装生产、开设银号贩卖黄金、设立信诚公司售皮件、采购军需，解甲归田后在北京、天津、大连、保定、济南、馆陶等地购有大宗房地产和私人住宅，在天津万德庄、东马路、估衣街、南市、河东、旧英租界等地有出租房产三千多间；并投资于纺织、面粉、金融、电力、煤矿等企业。如在中国、交通、盐业、金城等银行均有巨额投资。在天津东亚毛呢纺织公司、庆丰面粉公司、三星面粉公司、保定乾义面粉公司、华北制冰厂以及敬记、永顺兴、乾祥厚等茶庄也拥有股份。他到底占有多少财富，实难细数，时人估计达三千万元。

1921年6月4日，时传王占元自天津会议回鄂后，携有二百万大宗款项，不肯发放，湖北宜昌第二十一混成旅王都庆部一团哗变，大肆抢掠烧杀，人民死亡千余，并波及日英美洋行住宅。6月7日，王占元直辖部队武昌第二师第七团因欠饷未发，受宜昌兵变影响哗变，王占元避入军舰，死人民二百余，8日变兵回营，被诱缴械押至孝感，以机关枪扫杀，10日湖北沙市第八师王汝勤部一部哗变。6月11日，汉口领事团向王占元抗议宜昌、武昌兵变，质问有无保卫能力，否则各国将调军舰来汉口自卫，19日湖北富池也发生兵变。6月21日汉口领事团以宜昌、武昌兵变外侨损失，向王占元提出三点要求，在北京的鄂人向国务院请愿撤免王占元职，28日再度请愿。7月18日，王占元又在武昌招集鄂、赣、桂、湘、黔、蜀、滇七省联防会议。

1921年7月20日，在“倒王运动”主持人李书城等联络下，湖南督军赵恒惕任援鄂总司令，以湘军第一师宋鹤庚为援鄂总指挥，21日湘军两个师由岳州进攻湖北，王占元急令第十八师师长孙传芳为中路前敌司令、刘跃龙为左路司令、王都庆为右路司令，25日王占元调鄂西军往蒲圻布防组织防御，情况危急，乃向吴佩孚求救，第八混成旅靳云鹗部亦自豫往援。7月29日湘鄂战事开始，湘军第二师鲁涤平部败鄂军朱大霈旅于羊楼峒，吴佩孚令第二十五师师长萧耀南为援鄂总司令率兵入湘，30日萧耀南率军抵汉口，再不前进，坐山观斗，准备鹊巢鸠占，联合湘军赶王占元下台，31日湘军第二师鲁涤平攻占赵李桥，败第十八师孙传芳部。8月3日孙传芳督第二师夺回赵李桥，败湘军，4日王占元杀湖北国会议员国民党人刘英，5日湘军右翼败蒲通镇守使刘跃龙，占领通城，6日湘军再占赵李桥，孙传芳部退蒲圻。8月7日，王占元被迫通电辞职，第二十五师萧耀南部立即入驻武昌，9日被

1922年4月21日，浙督卢永祥及张锡銮、赵尔巽、王士珍、王占元、孟恩远、张绍曾等电曹锟、张作霖劝告息争，请“同莅天津，清除隔阂”，22日又联名电吴佩孚，请“持坚忍态度，以待调人之进行”，未能起到效果。4月28日第一次直奉大战爆发，5月直系胜利，王占元再次靠拢曹锟、吴佩孚。6月19日，北京政府派王占元、宋小濂赴榆关监视奉直撤兵。1924年9月第二次直奉战争开始，王占元被任命为“讨逆军检察使”，10月直军大败，11月张作霖到北京，对王占元极为冷淡。

1926年7月9日国民革命军开始北伐，吴佩孚在两湖迅速失败，9月13日靳云鹏、王占元运动张作霖、孙传芳合作，援吴佩孚“讨赤”，王占元应孙传芳的邀请，到南京出任“五省联军训练总监”，抗击北伐军。11月北伐军击败孙传芳，王占元只好逃入天津租界。

1928年4月17日任陆军检阅使，24日与内阁总理潘复一起到济南与张宗昌、孙传芳等商议军事。6月北伐军攻克平津后