林朝栋，1851年出生于彰化县阿罩雾庄（今台中市雾峰区），为林文察长子。出生前一年祖父林定邦与邻近土豪林妈盛发生冲突，遭其手下杀害，不久父亲林文察将林妈盛拖至林定邦墓前报仇雪恨，之后前往自首而进行判决，直到1853年小刀会来台起事后才被召入军中担任勇首，随后赴福建支援太平天国战事，并于1863年回台平定戴潮春事件，最后在1864年年底返回福建支援，而战死于漳州万松关，当时林朝栋14岁。

虽然与父亲林文察相处时间有限，但林朝栋和父亲一样，自幼熟读兵书，喜欢练武，有次练武时不小心伤到一只眼睛，只剩一眼能见事物，因而得到“目仔少爷”的称号。1868年林朝栋与杨永萍结婚，婚后杨永萍鼓励他考取功名，但林朝栋对考试没兴趣，故无未听从妻子的建议。

1870年，林朝栋二叔，林家当时的家长林文明被控侵占虏人以及带头威胁官府等罪而被官府密谋，被凌定国突然斩杀于审堂之上。因此，林家在林朝栋祖母林戴氏与叔公林奠国带领下

1884年中法战争开战，法国的远东舰队在孤拔（AmédéeCourbet）的指挥下前来攻打北台湾，以取得鸡笼（今基隆市）的煤矿作为战舰攻打中国沿岸的燃料，同时以台湾作为与清朝谈判的有利筹码。1884年9月18日法军抵达鸡笼外海，与清军炮战。10月3日法军攻占鸡笼城，法军于10月7日和10月8日进攻沪尾（今台北县淡水镇），但被漳州镇总兵孙开华击败，于是清法两军在北台湾长期对峙。

十一月，镇守台中的台湾兵备道刘璈奉刘铭传之命，征召担任兵部郎中的林朝栋北上助战，于是林朝栋率领500乡勇与两个月的军粮前往鸡隆，镇守大武仑炮台，之后清军弃守，前往大水窟（今基隆市安乐区）镇守的林朝栋协助前线作战。1885年1月9日，法军在大牛埔（今台北县贡寮乡吉林村桃源谷）勘查地形，和林朝栋军冲突，最后被林朝栋击退。1月25日，法军以1900名兵力进攻清军的暖暖防线，双方爆发第一次月眉山战役，林朝栋率领乡勇支援，并于1月

1885年十月，林朝栋驻扎新竹与后垅（今苗栗县后龙镇）两处海口。这段期间罩兰庄（今苗栗县卓兰镇）发生当地台湾原住民猎杀居民的事件，林朝栋陈报刘铭传，刘铭传便命林朝栋抚番（安抚汉人与台湾原住民之间的关系）工作。

11月23日，武荣社原住民围攻罩兰社，林朝栋派兵解围，之后亲自督战，并与柳泰和合军抚平附近一带的山社，最后武荣社头目油格不敌逃走(后接受招抚，改名北都巴博为义军主要将领)，于是该社接受清军就抚。12月11日，大湖遭到原住民袭击，林朝栋又率军就抚附近七社。1886年刘铭传上奏朝廷叙奖，林朝栋得“劲勇巴图鲁”名号，并由四品官加升为三品。

1886年7月11日，林朝栋被命办理隘务（即清朝台湾版图与未接受其统治之台湾原住民之间的交界事务），7月23日，苏鲁社进犯罩兰庄，并与官府断绝关系，9月8日林朝栋与柳泰和率军镇压，双方激战至8月20日，但无明显战果，不久林朝栋请假返乡，然后于10月7日率援军返

1888年10月5日，因土地丈量处理不当，彰化爆发施九缎事件，知县李嘉棠等大小官员被包围在彰化县城里，而前来支援的朱焕明则于途中被袭战死，刘铭传便急命林朝栋派军支援。11月9日，林朝栋率领新招募的栋军1800人抵达县城外，经过一战后与城内守军里外夹击，解除县城之围。11月14日，林朝栋派旗下各营扫荡乡里，而在平和厝与起事群众对战，一举击溃之，加上林文荣等也在砖仔窑击溃起事群众，终于平定事件。

事件后，林朝栋建议刘铭传解散起事群众，仅追究带头者的责任。而刘铭传接受其建议，并上报朝廷奖叙林朝栋，使他成为清朝唯一以道员身分受赏黄马褂者。而他的建议也得到彰化二十四庄（今彰化县花坛乡、大村乡等地）的居民感念，并于1895年赠与他“德同再造”的匾额。

林朝栋在中法战争时优异的战功，让他得到刘铭传的青睐，因而在刘氏主政台湾期间受到重用，除了负责抚垦业务外，也接掌当时台湾最重要的外销品之一—樟脑的管理工作，并统帅当时全台湾最具战力的部队「栋军」，一肩扛起台湾中部的治安与国防工作。而他内渡之后，旗下的栋军十营仍未解散，并投入乙未战争的中部战场，成为台湾民主国对抗日军的重要战力，可惜最后仍寡不敌众，在人数、武器等劣势下溃散瓦解。不过也有人认为，如果林朝栋未内渡，而是亲自领导栋军对抗日军，也许会让战局会对台湾民主国更加有利，甚至如果唐景崧未以广勇代替栋军，则台北城也许不会如此轻易的落入日军手中。

家业方面，雾峰林家在林文明去世后官司不断，家道中落，但林朝栋得到刘铭传赏识后却改变这局面。一方面林朝栋官至三品，成为家族中仅次于林文察的大官，如此大大提升林家的社会地位。另一方面，林朝栋接掌抚垦与樟脑事务，使林家得以大幅开垦中部山地，广泛种植樟脑树以外销他地

1894年甲午战争期间，林朝栋奉台湾巡抚邵友濂之命率领四营镇守狮球岭炮台，之后又陆续增援两营兵力，然而唐景嵩接任巡抚后，又将他调回台中，而以广东来的勇兵代替。1895年4月17日清朝与日本签订马关条约，将台湾与澎湖割让日本。5月24日，在台湾各地士绅支持下，台湾民主国成立，以唐景嵩为总统，以抵抗日军接收台湾。而林朝栋早在四月初决定将家眷送到厦门避难，自己再只身返回台湾对抗日军。

然而林朝栋返台后，日军已于5月30日登陆澳底，一路挺进，唐景嵩见局势不妙，立即逃回大陆，因而让日军登陆十天后即轻易占领台北城，并直入桃仔园（今桃园县）。林朝栋见状，感到大势已去，支付银饷后独自西渡抵达厦门。但手下8营兵力并未解散，反而追随李秉瑞、吴汤兴投入抗日战争。

到厦门后，林朝栋于1897年两度奉旨晋见皇帝两次，由南洋大臣刘坤一指挥。之后又再建军，仍作“栋军”，并驻守海州，不久被命接管全福建团练的管理工作，但又被刘坤