1894年（光绪20年），马麒随其父加入董福祥领导的甘军。义和团之乱中，马麒随甘军参战，其后驻留北京，负责慈禧太后的警卫任务。1900年其父马海晏死后，由简练军哨官承袭父职。

中华民国成立后的1912年（民国元年）4月，马安良、马麒驻扎兰州，因统治横暴而遭到甘肃省临时参议会纠弹。奉马安良的指示，马麒派人杀害临时参议会议长李镜清，对此甘肃都督赵惟熙未作处理。同年8月，马麒被北京政府任命为西宁镇总兵，后升任青海蒙番宣慰使。1913年受封为“锐扬将军”。在马安良大旗的庇护下，利用手中的一点军权，把持地方政权，并与民族宗教势力相结合，取得了对该地区的撒拉、回等人民的绝对统治权，为其家族统治青海奠定了基础。

1915年（民国4年）、马麒为令政敌、青海办事长官廉兴失势，向北京政府进谗言，称廉兴企图叛乱，廉兴遂被罢免。同年10月，青海办事长官、西宁镇总兵的职位废止，取而代之的是甘边宁海镇守使，马麒出任该职。

父亲：马海晏

胞弟：马麟，字勋臣，一直佐其兄为开创青海的马家小朝廷，马麒死后继任青海省主席。马步芳太子党势力壮大后，对其叔多方压迫与排挤，马麟无奈，赴麦加朝觐，归来后不久就失去了省主席的宝座，以国民政府委员虚衔返回原籍居住，不久病逝，终年72岁。

长子：马步青，国民革命军骑兵第5军军长，第40集团军副总司令。陆军中将衔。

次子：马步芳，国民革命军第40集团军总司令，西北军政长官。陆军上将衔。

三子：马步瀛，1950年初随其兄马步芳流亡沙特阿拉伯时，在塔乙夫城中暑去世。

1919年青海建省后，初任建设厅长，嗣任省政府主席，在兴办回民教育与振兴实业方面做了一些实事。他还关心宗教事业，捐资修葺清真寺和发展经堂教育。1918年，伊赫瓦尼教派的马万福（果园阿訇）被新疆哈密王沙莫胡索特告发于都督兼省长杨增新，杨将马捕押于哈密，后应甘肃督军张广建之请拟押送兰州，马麒趁其途经河西平番时予以营救，接至西宁，尊为经师，支持其传播伊赫瓦尼派。陕西伊赫瓦尼派掌教马静山、社董马图生被陕西督军郭坚囚禁，马麒电请释放，并说明“伊赫瓦尼并非邪教”，遂使伊赫瓦尼教派在陕西、甘肃、青海3省传播开来。