藏历第十五饶迥(1876年)火鼠年五月五日，土登嘉措降生在下达布地区一户普通农家里。由于该户处在形似矫健的大象的朗林拉巴山前，故称之为朗顿(大象旁之意)。

当时十二世达赖喇嘛成烈嘉措去世已一年多了，按惯例首先请八世班禅丹白旺秋打卦问卜。八世班禅答复说达赖灵童已经出世，其方向在拉萨的东南方。而后，护法神也说灵童已在拉萨东南方向出世。于是，摄政达擦和噶厦政府派出多人寻访，在查询过程中，人们发现朗顿的情况与圣湖显影、神佛预言完全相同。他们即致函政府，详细汇报了所见所闻。噶厦立即派人到朗顿再度进行认真考察，指示其父母将男婴出世前后的吉祥预兆，详实地作一书面禀报。

根据各地传报的情况来看，朗顿的男婴无疑是达赖转世灵童。但为了慎重起见，噶厦再次派人携带哈达、镀金铜白度母像等敬献物，前往灵童出生地。随后，八世班禅丹白旺秋、摄政达擦呼图克图、各寺高僧等一致认为灵童确系前世达赖转世，因而通过驻藏大臣松桂上奏皇帝。

藏历土虎(1878)年正月四日，八世班禅丹白旺秋应政府的邀请前来拉萨。十一日，班禅额尔德尼、摄政达擦呼图克图等一同前往蔡贡塘会晤达赖灵童，互献哈达。之后，在日光殿的主圣前，由班禅额尔德尼剪去灵童的顶发，取法名为“吉尊阿旺桑土措晋美旺秋却勒南巴杰娃德白桑布”。为了庆贺灵童剃发取法名，西藏举行了盛大的庆祝宴会。

此后，西藏地方政府通过驻藏大臣松桂，请求“准许下年举行达赖坐床大典，并用黄色马鞍。”土兔(1879)年公历五月，光绪皇帝谕旨云：“达赖喇嘛转世已确定，今年六月十三日良辰吉时举行坐床，甚佳，朕深喜之!现赠达赖喇嘛黄哈达一条，佛像一尊，念珠一串，铃杵一套。达赖喇嘛坐床之后，可启用前世达赖喇嘛之金印，并复奏皇上谢恩。经用黄轿及黄色的鞍辔均予准用。封佛父贡嘎仁庆为公爵，赏戴宝石顶子，着孔雀翎，依旨遵行，钦此!

佛父贡嘎仁庆被封为公爵以后，噶厦政府按惯例又拨给庄园和农奴，遂成为大贵族之一，名为朗顿。

藏历水马(1882)年，达赖年满7周岁，已到受戒年龄。但因八世班禅有病，由经师通善济咙呼图克图在大昭寺给土登嘉措受沙弥戒。接着，继续在哲蚌寺学经求法。

是年，八世班禅丹白旺秋圆寂。火狗(1886)年四月八日，摄政达擦通善呼图克图去世。次日，驻藏大臣色楞额前去验尸，并封了摄政的大印。“十三日，四大噶伦、总堪布等人带着哈达、曼遮等礼品，前往布达拉宫向达赖报告并商讨继任人选问题。报告说，达赖喇嘛还年幼，且要求学念经，故摄政之事暂由第穆呼图克图代行为宜。噶厦专门派人与两位驻藏大臣磋商摄政的人选，根据与驻藏大臣磋商决定，任命第穆呼图克图为代理摄政，并按照驻藏大臣的意见，多喀瓦、宇妥等三位大臣前去向达赖喇嘛报告。”（《传记希奇珍宝链》上卷，138页）

于是，驻藏大臣转奏皇帝准许第穆呼图克图代行摄政职权。为了保持西藏政局的，当年的藏历五月十三日，举行了第穆呼图克图宣誓就职仪式。

1895年（清光绪二十一年），十

第穆呼图克图逝世后，十三世达赖就完全掌握了西藏政教大权。当时他面临着英帝国主义者军事侵略的进一步威胁，英人已放出了进攻拉萨的狂言。对于抵抗英帝国主义的侵略，十三世达赖的态度是明确的，他决心领导西藏僧俗人民进行第二次抗英战争。

1903年（清光绪二十九年），英军第二次入侵西藏。次年，英军攻占春丕、帕里。当英军到江孜时，受到藏军有力的阻击，双方发生了激战，英国人也死伤不少，这就是西藏历史上有名的江孜保卫战。后来，英军又派来了增援部队，即向拉萨进发，当年八月三日占领了拉萨。

十三世达赖在英军抵达拉萨的前夕，从布达拉宫出走，经黑河，越过唐古拉山，而进入青海，前往外蒙古，当到达外蒙古之库伦时，企图逃往俄国。后来，由于受到清朝驻外蒙古大臣和从北京派来的钦差大臣之劝阻，赴俄的目的才没有达到。

对十三世达赖出走，驻藏大臣有泰向清朝政府的奏摺中“弹劾”十三世达赖“平日跋扈妄为，临事潜逃无踪，请褫革达赖喇嘛的名号。”

1933年12月17日，十三世达赖土登嘉措在罗布林卡圆寂，享年五十八岁。

十三世达赖圆寂以后，三大寺代表和噶夏僧俗官员会议决定在十四世达赖未执政前，特请热振呼图克图出任摄政，掌管西藏政教事务。

十三世达赖土登嘉措在繁忙的政教事中，仍抽时间从事写作，他的著作据藏文传记称有：《佛师普觉传及建塔史略》、《关于音韵学的注释》、《关于僧众戒律问题》、《佛教讲论经典的解释》等。

十三世达赖的灵塔殿在布达拉宫，土登嘉措的灵塔于1934年动工，历时三年完成。据史料记载，灵塔塔身高约14米，耗费黄金595公斤，镶嵌各种宝石4万余颗，可谓璀璨生辉，夺人眼目。灵塔正上方还有一尊十三世达赖喇嘛坐像。

十三世达赖喇嘛灵塔殿是布达拉宫最晚的建筑，也是一座封闭型殿堂，参观后要顺原路返回第三层，而在第三层四壁又可看到绘有十三世达赖喇嘛一生的传记壁画。十三世达赖喇嘛灵塔殿一般不开放，如果运气好或许可以跟前来参观的外国旅游团进入。