清光绪十五年（1889年），和加尼牙孜出生于新疆哈密县的七道沟。其父为伊敏尼牙孜，是哈密回王的王府官员。光绪三十三年（1907年），和加尼牙孜参加了反对哈密回王沙木胡索特的吐尔巴克暴动。1912年又参加了铁木尔·尼牙孜领导的哈密暴动。铁木尔失败后，和加尼牙孜逃往奇台、木垒，又来到博乐一带，以打猎和贩卖鹿茸为生。后辗转投奔托克逊县长库尔班·尼牙孜，经举荐回到哈密。沙木胡索特欣赏和加尼牙孜的枪法，赦免其罪，令其担任王府侍卫队的副队长。

1930年，哈密回王沙木胡索特病逝，其子聂孜尔嗣位。新疆省主席金树仁乘机对哈密进行改土归流，将聂孜尔调往省会迪化（今乌鲁木齐）任职，又收回了贵族的土地，废除了清代以来哈密回王的特权。由于吏治腐败，加之改革措施不当，造成维、汉矛盾和地方矛盾加剧。1931年2月，伊吾县驻军的首领阿不都·尼牙孜·米拉甫联络地方势力，率先举事。驻扎哈密的新疆省军师长刘希曾派兵镇压。和加尼牙孜与旧王府的官员（都尔嘎）纷纷趁乱起事，成为哈密暴动的主导力量。金树仁任命的哈密警备旅长尧乐博斯也在暗中协助暴动势力。和加尼牙孜率部尾随并伏击省军，缴获了大量军械；又派人四处联络维、哈、回各族长老和阿訇，声势日益壮大，成为哈密各派反对势力的首领。

在省军屡屡失利的情势下，金树仁不得不派人招抚和加尼牙孜。和加尼牙孜要求省政府撤回哈密县长和省军，恢复哈密王制；并任命自己负责哈密地方防务。金树仁不能接受其条件，将刘希曾撤回，以阿克苏行政长

尧乐博斯等人刚离开哈密，行至甘肃肃州（酒泉），就被当地的回族军阀马仲英探明底细。此时的马仲英遭到青海马步芳等势力围攻，败退至甘肃西部。马仲英设宴款待尧乐博斯，二人一拍即合。尧乐博斯放弃入京请愿，马仲英则决定率军进入新疆，联合和加尼牙孜，推翻金树仁政府。马仲英入新后，全省局势逐渐陷入极度混乱之中。

1931年5月19日，马仲英以“奉命出关”为名，率国民革命军第36师的500余人离开肃州，进军哈密。在和加尼牙孜的策应下，马军吴英琦部夜袭哈密汉城，被守军击退后，转而攻下哈密回城。不久，马仲英攻克镇西县（今巴里坤县）与哈密满城，缴获了大批武器和给养，朱瑞墀孤军被围困于汉城。金树仁急命鲁效祖为“东路剿匪总司令”、盛世才为督署参谋长率援军驰援。马仲英在了墩（位于七角井与哈密之间）大败省军先锋杜国治旅，省军受挫，金树仁派田国祯与马仲英议和，作缓兵之计。

马仲英将从省军手中所获的大量武器弹药全部运回甘肃，引起和

和加尼牙孜在乌恰县时，苏联派人来到中苏边界处的伊尔克什坦与其交涉，要求和加尼牙孜遵守与盛世才订立的协议，并抓捕沙比提等人。和加尼牙孜感到“不仅自己的性命发生了危险，而且失掉俄人的信任”，于是同意解散东土耳其斯坦伪政权，接受了省方的条件。盛世才保举和加尼牙孜为新疆省副主席，和加尼牙孜则保证服从省政府的领导。1934年3月2日，沙比提大毛拉在莎车县召开“内阁会议”，宣布和加尼牙孜为叛徒。5月，和加尼牙孜抓捕沙比提，将其押解至迪化交给省政府。7月，和加尼牙孜留下麻木提的部队在喀什噶尔驻扎，在苏联军事顾问马林科夫的陪同下前往迪化。10月12日，和加尼牙孜就任省政府副主席。和加尼牙孜的亲信阿不都热合满出任省财政厅副厅长。

和加尼牙孜出任省副主席后，1934年8月，麻木提统率的维吾尔、柯尔克孜士兵1500余人被改编为新疆陆军步兵第七师，麻木提任师长。盛世才任命代理伊犁屯垦使刘斌为喀什警备司令，监视麻木提的